CLC Genomics Workbench

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CLC Genomics Workbench

 

  CLC Genomics Workbench是第一个综合性高通量数据分析包,支持Sanger、454、Illumina 、SOLiD和 Ion Torrent等主流测序仪产生的测序数据。该软件专为生物学家设计制作,直观的界面、操作简便及用户友好的分析功能极大地简化了二代测序数据分析。CLC Genomics Workbench灵活性高,兼容用户开发的算法,扩展该软件的工作流程。

  CLC Genomics Workbench支持Mac OS X、Windows、和Linux操作系统。


主要应用领域
      CLC Genomics Workbench适用于遗传学、转录组学、表观遗传学和宏基因组学研究。

 


CLC Genomics Workbench功能
      对来自上述测序平台产出的原始数据的质量控制,包括原始数据的质量评估和data trimming以及PCR duplication的去除。多样本数据的自动分离。基因组数据的从头组装、重测序数据的mapping、SNP/InDel/CNV/SV突变检出和注释、比较基因组数据的分析以及结果的图形化展示。RNA-seq数据的差异表达分析和统计测验以及结果作图。miRNA数据的mapping、聚类和二级结构预测及功能注释。标签表达谱数据的分析。表观遗传学ChIP-seq数据的分析。


基因组学
1.读取Sanger、454、 Illumina 、 SOLiD和 Ion Torrent的测序数据,对原始数据质量评估、data trimming及去除PCR duplication
2.De novo 拼接、重测序数据的mapping、检测和注释SNP/InDel/CNV/SV突变、比较基因组数据的分析及结果的图形化展示
3.支持多种类型的混合数据分析
4.Color space mapping
5.高级视图与缩放工具
6.序列分析工具(检测突变和下游序列分析)
7.支持多重检测DNA 序列标签


转录组学
      RNA-seq incl. 支持双端测序数据和转录水平表达
      小RNA分析
      表达谱标签
      创建表达序列标签库
      高级视图与缩放工具
      基因表达分析


表观基因组学
      ChIP-seq分析
      峰值检测和优化
      对照组与实验组分析


经典序列分析工具
      引物设计
      分子克隆
      BLAST
      进化树构建
      RNA高级结构分析和编辑
     限制性酶切位点分析
      蛋白质二级结构预测
      其他功能


CLC Genomics Workbench的主要优势:
      图形化用户界面,安装和操作简单,类似Office软件的使用,无需命令行和编程技能,结果可以直观查看,并支持多种格式的输出,图表结果可以直接用来发表文章。

      支持包括Mac、Windows和Linux在内的多种操作系统平台,支持目前主流的所有测序平台数据和来自第三方软件的中间结果数据的导入分析和混合平台数据的分析。

      整合和开发的专有算法,较其他软件在分析速度和质量上都有明显优势。

      软件自身整合了所有必要的功能,避免了其他软件在繁琐的上下游数据的格式间转换。Workflow功能更能轻松自定义工作流程,Batch批量分析,快速高效分析海量测序数据。

      除了计算能力,CLC Genomics Workbench提供了灵活的工作系统,轻松整合其他应用程序和共享数据以及一系列的其他功能,确保你的高通量序列分析在快速、安全、和灵活的IT环境下运行。

      功能强大,操作简单。操作说明和样本数据分析教程内容详尽。

      软件的支持和维护服务周到,软件厂商QIAGEN资金雄厚,软件的开发维护团队强大,改进和升级速度快。


2017年CLC bio更新介绍:CLC Genomics Workbench 10

  CLCBio的两款主打软件是全面的生物信息学分析工具,能够对所有主要二代测序平台获得的结果进行分析和可视化。该工具能够无缝整合入常规NGS工作流程。适用于遗传学、转录组学和表观遗传学研究。其包含多种功能,如read mapping和de novo,还为resequence、ChIP-seq和RNA-seq提供相关应用。CLC Genomics Workbench 10 和 Biomedical Genomics Worbench 4是今年最新版本。


改进RNA-seq分析和更多统计工具
      RNA-seq分析工具现在运行速度更快,结果更准确
      可以利用RNA spike-ins如ERCC和SIRV验证RNA-Seq实验。还可以通过全新的“Import Spike-ins tool”导入自定义spike-ins。
      RNA-seq分析报告有了很大的提高:
          Reads mapped到的生物类型分布图
          Reads的单链特异性
          任何覆盖偏倚
          Read-through的潜在适配器
          spike-ins实验结果

 

  RNA-seq分析中将鉴定的潜在问题高亮为粉红色。该报告还包括客户需要的的故障排除的命令。

 

  创建合并的RNA-seq报告工具可以将多个RNA-seq分析报告整合到一个钟,从而便于比较几个RNA-seq分析。整合的报告还会包括涉及的数据中不佳的质量或不正确的参数选择。

 


  所有高级统计程序插件的统计工具现在都是一个新的文件夹中,名为RNA-Seq分析。这些工具会根据测序深度的差异自动消除需要规范的输入数据。比如,RNA-Seq的TE和GE的报告,生成2D和3D PCA图,热图,火山图、文氏图。

 

  一个Gene Set Test新工具使用超几何测试可以发现如Gene Ontology术语的多基因集。Gene Ontology注释现在可以自动与Gene Ontology术语配对。

 


改进导入数据功能
      现在可以轻松地导入:
          PacBio数据
          参考基因组
          比以前更多类型的COSMIC reads

  根据自己的生物型GFF3格式文件种不同RNA tracks现在标为不同的颜色。

 

  搜索SRA中reads时,现在可以缩小搜索范围仅限于那些与PubMed摘要或全文文章相关的结果。


增强了read mapper
      Map Reads to References 和RNA-Seq Analysis工具进行了改进:
          更快
          针对包含indels的难以map的reads更准确了
          更好的map长reads
          优化处理PacBio reads
          使用更少的内存
  包含许多较短的序列的Draft assemblies或转录组将运行得更快,与tracks相关的表将更能更快的被打开。
  表格筛选更容易:右键点击单元格即可根据单元格的值进行表行的过滤。

 

  搜索元数据表中数据的速度已经有了很大的提高。



点击数:2944 录入时间:2017-08-30 17:01:59【打印此页】【返回

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