CLC Genomics Workbench

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CLC Genomics Workbench

 

  CLC Genomics Workbench是第一个综合性高通量数据分析包,支持Sanger、454、Illumina 、SOLiD和 Ion Torrent等主流测序仪产生的测序数据。该软件专为生物学家设计制作,直观的界面、操作简便及用户友好的分析功能极大地简化了二代测序数据分析。CLC Genomics Workbench灵活性高,兼容用户开发的算法,扩展该软件的工作流程。

  CLC Genomics Workbench支持Mac OS X、Windows、和Linux操作系统。


主要应用领域
      CLC Genomics Workbench适用于遗传学、转录组学、表观遗传学和宏基因组学研究。

 


CLC Genomics Workbench功能
      对来自上述测序平台产出的原始数据的质量控制,包括原始数据的质量评估和data trimming以及PCR duplication的去除。多样本数据的自动分离。基因组数据的从头组装、重测序数据的mapping、SNP/InDel/CNV/SV突变检出和注释、比较基因组数据的分析以及结果的图形化展示。RNA-seq数据的差异表达分析和统计测验以及结果作图。miRNA数据的mapping、聚类和二级结构预测及功能注释。标签表达谱数据的分析。表观遗传学ChIP-seq数据的分析。


基因组学
1.读取Sanger、454、 Illumina 、 SOLiD和 Ion Torrent的测序数据,对原始数据质量评估、data trimming及去除PCR duplication
2.De novo 拼接、重测序数据的mapping、检测和注释SNP/InDel/CNV/SV突变、比较基因组数据的分析及结果的图形化展示
3.支持多种类型的混合数据分析
4.Color space mapping
5.高级视图与缩放工具
6.序列分析工具(检测突变和下游序列分析)
7.支持多重检测DNA 序列标签


转录组学
      RNA-seq incl. 支持双端测序数据和转录水平表达
      小RNA分析
      表达谱标签
      创建表达序列标签库
      高级视图与缩放工具
      基因表达分析


表观基因组学
      ChIP-seq分析
      峰值检测和优化
      对照组与实验组分析


经典序列分析工具
      引物设计
      分子克隆
      BLAST
      进化树构建
      RNA高级结构分析和编辑
     限制性酶切位点分析
      蛋白质二级结构预测
      其他功能


CLC Genomics Workbench的主要优势:
      图形化用户界面,安装和操作简单,类似Office软件的使用,无需命令行和编程技能,结果可以直观查看,并支持多种格式的输出,图表结果可以直接用来发表文章。

      支持包括Mac、Windows和Linux在内的多种操作系统平台,支持目前主流的所有测序平台数据和来自第三方软件的中间结果数据的导入分析和混合平台数据的分析。

      整合和开发的专有算法,较其他软件在分析速度和质量上都有明显优势。

      软件自身整合了所有必要的功能,避免了其他软件在繁琐的上下游数据的格式间转换。Workflow功能更能轻松自定义工作流程,Batch批量分析,快速高效分析海量测序数据。

      除了计算能力,CLC Genomics Workbench提供了灵活的工作系统,轻松整合其他应用程序和共享数据以及一系列的其他功能,确保你的高通量序列分析在快速、安全、和灵活的IT环境下运行。

      功能强大,操作简单。操作说明和样本数据分析教程内容详尽。

      软件的支持和维护服务周到,软件厂商QIAGEN资金雄厚,软件的开发维护团队强大,改进和升级速度快。

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