Biomedical Genomics Workbench

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  Biomedical Genomics Workbench揭开复杂的NGS分析并且对敏感性和特异性的新的见解有超过95%的无以伦比的准确性。Biomedical Genomics Workbench提供一套全面的直观的分析流程,工具和可视化模块,对基因组,可定制分析。特别针对新一代测序(NGS)的扩增、转录组和表观遗传的信息。加速对测序数据,比如新的癌症和遗传性疾病的生物标志物的发现步伐。

  癌症和遗传性疾病的NGS数据挖掘,寻找治疗答案

  -界面友好,具有完整的、可定制的分析工作流程
      -专业的分析功能,对DNA序列和RNA测序数据的低频变异进行高灵敏度检测
      -拷贝数检测和有针对性的扩增子测序无与伦比的准确性
      -集成的可视化,验证,报告和过滤工具,使简单和完全可定制的分析工作流程。
      -对致病性的变异蛋白质可进行三维结构的可视化预测

 


2017年CLC bio更新介绍:Biomedical Genomics Worbench 4

  CLCBio的两款主打软件是全面的生物信息学分析工具,能够对所有主要二代测序平台获得的结果进行分析和可视化。该工具能够无缝整合入常规NGS工作流程。适用于遗传学、转录组学和表观遗传学研究。其包含多种功能,如read mapping和de novo,还为resequence、ChIP-seq和RNA-seq提供相关应用。CLC Genomics Workbench 10 和 Biomedical Genomics Worbench 4是今年最新版本。


改进RNA-seq分析和更多统计工具
      RNA-seq分析工具现在运行速度更快,结果更准确
      可以利用RNA spike-ins如ERCC和SIRV验证RNA-Seq实验。还可以通过全新的“Import Spike-ins tool”导入自定义spike-ins。
      RNA-seq分析报告有了很大的提高:
          Reads mapped到的生物类型分布图
          Reads的单链特异性
          任何覆盖偏倚
          Read-through的潜在适配器
          spike-ins实验结果

 

  RNA-seq分析中将鉴定的潜在问题高亮为粉红色。该报告还包括客户需要的的故障排除的命令。

 

  创建合并的RNA-seq报告工具可以将多个RNA-seq分析报告整合到一个钟,从而便于比较几个RNA-seq分析。整合的报告还会包括涉及的数据中不佳的质量或不正确的参数选择。

 


  所有高级统计程序插件的统计工具现在都是一个新的文件夹中,名为RNA-Seq分析。这些工具会根据测序深度的差异自动消除需要规范的输入数据。比如,RNA-Seq的TE和GE的报告,生成2D和3D PCA图,热图,火山图、文氏图。

 

  一个Gene Set Test新工具使用超几何测试可以发现如Gene Ontology术语的多基因集。Gene Ontology注释现在可以自动与Gene Ontology术语配对。

 


改进导入数据功能
      现在可以轻松地导入:
          PacBio数据
          参考基因组
          比以前更多类型的COSMIC reads

  根据自己的生物型GFF3格式文件种不同RNA tracks现在标为不同的颜色。

 

  搜索SRA中reads时,现在可以缩小搜索范围仅限于那些与PubMed摘要或全文文章相关的结果。


增强了read mapper
      Map Reads to References 和RNA-Seq Analysis工具进行了改进:
          更快
          针对包含indels的难以map的reads更准确了
          更好的map长reads
          优化处理PacBio reads
          使用更少的内存
  包含许多较短的序列的Draft assemblies或转录组将运行得更快,与tracks相关的表将更能更快的被打开。
  表格筛选更容易:右键点击单元格即可根据单元格的值进行表行的过滤。

 

  搜索元数据表中数据的速度已经有了很大的提高。



CLCbio Biomedical Genomics Workbench发布2017新版本5.0
——QIAseq Targeted Panel Analysis:快速简便准确鉴定基因突变


关于Targeted Panel Analysis
      Biomedical Genome Workbench5.0加入了新的QIAseq Target Panel Analysis插件提供一个针对体细胞和生殖细胞变异检测的从样本到生物学意义完整解决方案。

  QIAseq Target Panel Analysis插件不仅能够直接分析QIAseq panels产品的数据,而且也支持其他公司的panel产品或客户自定义的panel产生的数据。该插件是一个一站式的解决方案,可以选择QIAseq Targeted DNA, QIAseq RNAscan,或者QIAseq RNA panel,并将之加入现有的工作流程(Workflows)中,进行整体数据分析。

  该插件结合了最先进的精确并且有效的分子生物学的突变检测方法。分析可以在不同操作系统下的或是服务器、高性能集群的本地环境下运行,也可以在一个虚拟私有云端运行(VPC)。这保证了级临床研究应用所必需的灵活性、可伸缩性和数据安全性。

 


能检测到任何变异
      配合成熟CLC QIAGEN的解决方案,QIAseq Target Panel Analysis插件能够坚定出许多不同的突变。


包括:

  •   单核苷酸突变(SNVs)
  •   多核苷酸突变(MNVs)
  •   插入和缺失(InDeLs)
  •   基因融合
  •   通过Biomedical Genomics Workbench的CNV工具能坚定拷贝数突变(CNVs)


分析QIAseq数据变得容易

  QIAseq Target Panel Analysis插件能够提供一个用户友好的界面(QIAseq Panel Analysis Guide),帮助客户逐步完成所有的QIAseq Targeted DNA, QIAseq RNAscan,或者QIAseq RNA panel数据分析工作。配合Ingenuity Variant Analysis(IVA)为鉴定出的突变提供了有价值的临床信息。

  这一插件还为数据分析提供了预制好的工作流程。在CLC Workbench中的工作流程具有简单易用的可重复性,所有的分析参数设置都能供根据不同的panel类型进行修改和优化。研究者可以轻松地复制和修改工作流程,使之适应其他测序分析的需要。当然,自定义参数和设置可以保存下来,以确保重复性。突变报告直观、可视化,具有优良的互动性,能够个性化应用到实验验证中或后续的分析中去。

 


通过独特的分子指标和高级生物信息学提高Variant Calling精度

  由QIAseq化学制备的NGS文库具有独特的分子指标(UMIs),也被称为分子条形码。该技术减少了NGS处理过程中的系统误差。

  使用UMIs所提供的信息,reads可以分配到单一的的DNA或RNA分子,能够对放大的偏差和测序误差进行计算修正。通过使用UMIs和QIAseq Target Panel Analysis插件的修正测序和复制误差的高级算法,能够有效的降低差错率(8-fold)。

  这一分子生物学和智能生物信息学的结合,可以提供突变频率或表达水平更准确的预测报告。


点击数:6485 录入时间:2017-12-29 15:53:07【打印此页】【返回

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