TRANSFAC

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TRANSFAC数据库
      TRANSFAC数据库是第一个、也是最全面的真核生物转录调控的数据库,数据能够追溯到1988年第一例转录因子及其结合位点的信息。它整合了其他数据库的信息,如:TRANSCompel数据库(组成元件数据库)和TRANSpro数据库(全面收集人类和其他8种基因组的启动子数据库)。
      TRANSFAC能够添加到geneXplain平台,提供最全面的转录因子与DNA结合信息,为geneXplain平台提供先进的序列分析。


真核生物转录因子百科全书
      TRANSFAC数据库是最全面的真核转录因子百科全书,通过总结大量科学文献内容,归纳并记录了每个转录因子的结构属性和功能属性。


主要特征
      1.68,000多个转录因子结合位点报告,其中包括300多个物种的原始文献详细信息,主要关注的物种是人类、小鼠、大鼠、酵母和植物。
      2.24,5000多个转录因子与miRNA报告,提供GO功能、相关的疾病和表达模式信息。
      3.30,300,000多个ChIP部分报告,其中包括预测每个转录因子的最佳结合位点、可下载的序列和基因列表。
      4.323,000多个启动子报告,其中包括基于组蛋白修饰位点的ChIP芯片和ChIP-Seq、转录起始位点和单核苷酸多态性。
      5.通路查看工具根据实验得到的转录因子与DNA相互作用、转录因子与转录因子之间的相互作用,建立自定义调控网络。


结构
      TRANSFAC数据库的核心内容是真核转录因子和转录因子结合位点。结合位点是一个转录因子结合位置权重矩阵(positional weight Matrices, PWM),PWM反映每个核苷酸在已知和已比对的TFBS上被发现的频率,即每个位置的碱偏好性。TRANSFAC数据库根据转录因子的DNA结合域属性,将转录因子分类。

 


应用
      TRANSFAC数据库最常用于预测可能性转录因子结合位点,也可以用于训练用户自己的模式,发现新算法,或者挖掘转录因子信息。


位点和启动子分析
       使用TRANSFAC数据库6,500多个位置权重矩阵库,配合标准版TRANSFAC数据库自带的Match工具或选择geneXplain平台提供的相应工具,您能够分析DNA序列的可能性转录因子结合位点。


TRANSFAC®数据库包含了转录因子、其基因组结合位点和DNA结合元件(PWM),本次更新包括:

  基于DAP-seq(DNA亲和纯化测序)(O’Malley et al.,2016 Cell 165:1280-1292)为拟南芥转录因子新增528个新的元件(PWMs)并且根据PBM(蛋白结合微阵列)(Sullivan et al., 2014 Cell Rep. 8:2015-2030)新增46个拟南芥转录因子。

  针对拟南芥cistrome数据库包括的521个 DAP-seq数据集中的2826587条片段(O’Malley et al.,2016 Cell 165:1280-1292)采用MATCH分析工具分析得到了2682764最佳的结合位点。

  ENCODE phase-3项目发布在2016年10月至2017年1月之间获得的253个新转录因子结合位点 ChIP-Seq实验。数据集由213个不同的转录因子结合的4622342个片段组成,其中157个因子还没有包含到ChIP-Seq数据中。对于其中142个数据集,使用相应的转录因子的位置权重矩阵与MATCH工具一起预测得到片段上总共2841686个最佳结合位点。预测最佳的结合位点以及完整的片段在ChIP实验报告中以FASTA和BED的格式保存,并且生成一个由客户指定的与片段距离范围内的基因列表。

  所有基因组信息的基因,启动子,ChIP片段为人类,小鼠,大鼠,猴与拟南芥等物种是以Ensembl 版本87为背景的。

  整合了2016年11月新发布的人和大鼠的dbSNP数据库。


整合TRANSFAC公共版:
      每位用户均可使用
      位点搜索工具有219概况(矩阵)
      实现了搜索功能


DESeq工具:
      修正分析漏洞
      新增运行DESeq或DESeq2选项


HumanPSDTM:
      在新版本中HumanPSDTM数据现在更名为HumanPSDTM数据库
      2017.2更新已可用在genexpain平台
      从github.com / genexplain / genexplain API可用平台的Java API
      可以使用JSON config files配置可执行JAR文件以借助命令行调用平台处理。

点击数:1896 录入时间:2017-09-01 16:25:22【打印此页】【返回

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