OpenEye

产品详情

  OpenEye是一款用于药物先导发现和改造的专业工具,它不仅考虑了严格的科学意义、还兼顾计算速度、可拓展性以及平台可用性。OpenEye药物设计软件聚焦于先导物识别与优化,尤其擅长分子对接(包含三种对接算法)、基于静电和形状相似性的虚拟筛选(速度非常快)、基于片段的药物设计、预测水分子对蛋白-配体结合作用影响和预测药物构象自由能等。

  要想有效地设计出高活性、高选择性化合物需要使用各种各样的技术和方法,OpenEye提供科技领先的分子模拟与药物设计解决方案。

 


一、先导化合物发现(Lead Discovery)
基于形状相似性虚拟筛选(ROCS)
      ROCS是一种功能强大的虚拟筛选工具,可以快速识别具有与已知先导化合物形状类似的潜在活性化合物。在整体性和一致性方面,ROCS与基于结构的虚拟筛选方法相比具有竞争性,并且往往优于基于结构的方法。可以用ROCS来筛选感兴趣的、新的分子骨架。

  vROCS是创新的图形用户界面,能够直接与ROCS联用。vROCS还提供了强大的提问结构编辑器,使用户能够设计复杂的提问结构。vROCS还包含一组统计工具来评估不同提问结构的性能。

 


基于静电相似性虚拟筛选(EON)
      EON是一款静电比较软件,用于比较预先叠合好的分子间的静电相似性。EON因此能够发现结构完全不一样,但是形状与静电很相似的化合物,并由此得到骨架全新的先导物。

 


基于结构的虚拟筛选(OEDocking)
      OEDocking软件包含了FRED、POSIT和HYBRID三部分。其中,FRED是用来虚拟筛选的使用的最为广泛的对接程序。如果靶标蛋白的结晶结构中有原始配体的话,我们可以使用HYBIRD来进行虚拟筛选,与其他方法相比,HYBRID的筛选性能显著提高。另外,当有一系列的配体-受体复合物结晶结构时,HYBRID可以自动确定最适合指导新的配体对接的复合物。

 

FRED和HYBRID基于穷尽搜索算法对化合物的多个构象进行对接


二、先导化合物优化(Lead Optimization)
基于片段的药物设计(BROOD)
      BROOD是一款基于片断的全新药物设计软件,可以完成片断替换的分子设计工作。BROOD的定位是为药物发现团队搜索先导物或苗头化合物的化学空间与性质空间。针对一个起始结构,BROOD通过对选定的骨架或侧链片断用形状与静电相似的其它片断进行替换以生成全新的化合物,替换同时还会考虑新生成化合物的分子性质。BROOD的片断搜索有多个用途:先导物跃迁、侧链枚举、专利突破、片断连接、性质优化、扩大专利保护空间等。

 


构象预测(OEDocking)
      无论是实验还是对接,化合物结构改造都需要考虑配体构象。没有可靠的构象信息,很难以视觉或模拟的方式去发掘潜在的符合要求的化合物。OEDocking中的POSIT是预测“最佳”构象的程序。POSIT会根据配体与结晶结构中配体的相似度高低选用最佳的方法对接配体并反馈对接构象与实际构象误差在2Å范围内的几率。


构象稳定性评估(SZYBKI)
      SZYBKI 利用MMFF94(S)力场优化分子结构,无论是否具有溶剂效应,都能产生高质量的3D分子结构,用作其他程序的输入结构。SZYBKI还可以优化蛋白质结构,并优化蛋白质活性位点内的配体,可与对接程序结合使用。
      Freeform是SZYBKI提供的一个新的应用程序,它有两个功能:
      (1)计算自由配体的溶剂化能;
      (2)计算从溶液相构象体集合到单个生物活性构象的自由能。


结合亲和力优化(SZMAP)
      所有的蛋白配体相互作用都发生在水环境中,因此预测水分子在结合位点里的溶剂效应是理解结合亲合力至关重要的一步。SZMAP采用半连续介质模型通过自由能计算帮助药物化学家、计算化学家理解水分子如何影响配体与受体的结合,并提供结构改造的信息以帮助修饰化合物,提高蛋白-配体的结合亲合力。

 

点击数:653 录入时间:2018-06-15 16:50:26【打印此页】【返回

Copyright © 2008 - 2018 Tri-ibiotech.com All Right Reserved. | 备案许可证: 沪ICP备11020704.