geneXplain 平台

产品详情


geneXplain 平台介绍
      geneXplain是提供生物信息学、系统生物学和化学信息学分析工具的综合性平台,适用于生命科学领域的转译研究,主要应用于个性化医学和药物基因组学。geneXplain平台整合了一系列独立模块,这些模块组成的系统为转录组学和蛋白质组学提供从数据到新药物的完整分析流程。
      geneXplain为学术和商业合作伙伴提供专业服务。


服务
      geneXplain历经20年发展,解决了大量的生物学问题,积累了丰富的数据分析经验。geneXplain为客户量身定制数据分析服务,也参与科研项目合作,这些科研合作项目可以是发现生物标志物、鉴定药物靶标、搜索新药物和新药物应用等。


geneXplain提供的分析工具与数据库
      TRANSFAC数据库——最全面真核生物转录调控数据库,拥有最全面的转录因子及其结合位点与miRNA信息
      TRANSPATH数据库——目前全球最大的通路、网络数据库之一,特别适合geneXplain的上游分析模块
      HumanPSD——连接通路、靶标、药物和临床试验的丰富的信息资源
      PASS和PharmaExpert——定性预测化合物的生物活性
      GUSAR——创建QSAR模型和定量预定化合物活性


geneXplain平台界面图示

 


主要特征

      1.收集、存储和分析实验数据
      2.分析多种类型数据,如:芯片、ChIP-seq、RNA-seq、蛋白组学、NGS和GWAS数据等
      3.使用TRANSFAC数据库,全面分析基因组调控区域
      4.预测miRNA结合位点
      5.基因数据集富集分析
      6.使用TRANSPATH数据库,分析网络聚类、主调控子、潜在生物标志物与药物靶标
      7.70多个已设定的分析流程(特定分析流程)
      8.使用图像编辑工具自定义分析流程
      9.添加用户编程的Java脚本和R脚本


geneXplain平台功能
1.基因组变异功能分析
      分析流程定位SNP对应的基因,预测SNP对基因编码区域和调控区域的可能性影响,影响调控的SNP与附近的转录因子结合位点相关。用户可以使用内置的基因组浏览器查看分析结果,将分析结果以几种格式导出。


2.动态仿真
      geneXplain平台提供可视化模块,其中包括综合性模拟引擎及其可选择的参数。


3.分析基因组调控区域的转录因子结合位点
      使用TRANFAC数据库丰富的位置权重矩阵库,预测基因序列的可能性转录因子结合位点。另外,平台专为共调节基因提供复合模块。


4.网络分析
      平台使用合适的算法生成网络,预测主调控子(红色节点)调控的一组基因(绿色节点),具有统计学意义。
      GeneWays是支持网络分析的数据库之一,由A. Rzhetsky创建,数据库内容从360,000多篇文献全文和8,000,000多篇文献摘要挖掘信息归纳总结组成 [Iossifov et al., PLoS Comput. Biol.
5:e1000559, 2009]。
      BIOBASE公司产品TRANSPATH数据库是支持网络分析的另一个数据库,TRANSPATH数据库具有450,000多条人工归纳总结的分子相互作用关系和1,600个通路 [Krull et al., Nucleic Acids Res. 34:D546-D551, 2006]。

 

网络分析图示


5.流程管理
      特定分析模块组成的分析流程能够以图片形式保存,蓝色长方形表示模块,黄色菱形表示每个步骤的分析结果,作为导入下一个步骤的数据。数据集的分析流程可以通过拖拽需要的分析模块轻松创建。此外,如有需要,用户可在分析流程可以加入Java脚本。

 

分析流程图示

  前日,GeneXPlain旗下的转录因子数据库TRANSPATH及蛋白质数据库humanPSD进行了今年第三次更新。本次更新除了数据量有提升外,在线版的界面也有些功能上的改动。


TRANSFAC® 更新2017.3

  TRANSFAC®数据库对转录因子、其基因组结合位点和DNA结合区域(PWM)都有更新,新的数据特征:


基于序列保守对转录因子结合位点进行注释
      TRANSFAC®提取了位于人、小鼠或大鼠基因组的已知的转录因子结合位点并且保留了高度保守的位点。以高度保守为前提,对其他两个物种的结合位点进行了注释。这些结合位点与之前的物种进行对比,将完全能在相应位置对照的基因组序上的结合位点进行注释,一共获得了1565个新的结合位点的条目。


添加ChiP-Seq experiment浏览页
      从ENCODE导入161个人类DNA酶的高敏感ChIP-seq实验到新的浏览页面中。每个数据集的基因组间隔可以按.BED格式下载。转录因子和DNA酶ChIP-seq实验浏览页面可以从工具菜单访问。BED文件的下载按钮也被添加到TFBS与ChIP-seq实验浏览页面,为现有的2032个数据集提供更容易的访问。

  从2017年2月至2017年5月的第3期工程ENCODE网上更新了113个新的转录因子结合位点的ChiP-Seq实验https://www.encodeproject.org/matrix/?type=Experiment&status=released. 数据集
由98个不同的转录因子结合的1329758个片段组成,其中66个因子还没有被ChiP-Seq数据涵盖。对于71个数据集,一个现有位置权重相应的转录因子的矩阵与MATCH tool一起使用,能预测816574个最佳结合位点。预测的最佳结合位点以及完整的片段可以通过FASTA和BED的格式获得由用户指定的片段距离范围内的基因列表的实验报告。


体内转录因子结合片段的基因位点重组报告
      为了提高清晰度,只列出与最佳相关的启动子相重叠的片段,并且作为附加信息,还包括了与启动子的转录起始位点(TSS)相对片段的位置,以及片段内转录因子所预测的最佳结合位点序列。


hocomoco V10矩阵库集成
      基于Chip-Seq实验得到的134个单核苷酸位置权重矩阵已和HOCOMOCO V10(http://hocomoco.autosome.ru /)相整合。


人类单核苷酸多态性(SNP)的内容更新
整合了2017年3月由dbSNP新建立的人类150条SNP新信息,并将其映射人启动子序列上,使得这一数据从上次更新的34839288条增加了一倍达到了73423232条。


Ensembl的版本更新
      基于Ensembl增加了人、小鼠、大鼠、恒河猴、和拟南芥的基因,启动子,ChIP片段的基因组信息共89条。

  PROTEOME™ (HumanPSD™+TRANSPATH®) 更新 2017.3

  人类蛋白质组调查数据库(HumanPSD™)注重人类蛋白病生物标志物和药物靶标,本次更新包含了这些新的数据特征:


整合新的临床试验来源(CT)数据
      从clinicaltrials.gov和OpenTrials(http://opentrials .net)上整合了新的临床实验数据,覆盖了的研究欧洲、日本和澳大利亚等注册信息。CT-Disease-Drug信息数量从227170条增加到349417条,而CT-Disease信息数量从316785条增加到641872条。


改进用户数据管理
“我的数据”菜单中的“存储”链接加载一个使用空间统计的概览页面。对于每个存储的用户数据文件或结果列表,也可以按存储空间或字母顺序排列,便于管理或删除过时文件。(此功能也在TRANSFAC中®可用)。


快速寻找疾病和药物条目
      快速搜索菜单现在可以通过外部标签搜索疾病或药物,如MeSH ID,DrugBank ID,或者PubChem CID。


链接了BRENDA专业综合酶信息系统
      具有酶功能的基因/蛋白质的位点报告包含了与BRENDA的链接。用户可以通过有效的BRENDA订阅访问。

  TRANSPATH®数据库关于哺乳动物的信号转导和代谢途径包括以下新的数据特征:


新的磷酸化靶标内容
      添加了1000种新的磷酸化反应,描述底物及其关键磷酸化的激酶,如ERK1,SYK,Plk1,和Aurora-A/ B。


点击数:1948 录入时间:2017-11-28 17:20:50【打印此页】【返回

Copyright © 2008 - 2014 Tri-ibiotech.com All Right Reserved. | 备案许可证: 沪ICP备11020704.