精准医学生物信息培训班-武汉站(免费)

2019-06-06 00:00:00 来源:源资信息科技(上海)有限公司

湖北大学生命科学学院

源资信息科技(上海)有限公司 联合举办

2019年6月6日


一、课程简介

高通量实验能将某一个体系内,如细胞系、组织等全部生物成分(如DNA、RNA、蛋白质、代谢产物)提取并鉴定出来。对于很多生物科研人员而言,这种方法能够从整体上获得某一生理状态下分子活性,是一种高效、高质的实验方法。然而,高通量实验产生的是海量的信息,想获得有用的关键分子无异于大海捞针。因此,生物学家需要的是简便,可靠、易于掌握的生物信息学解决方案。


图一:前基因组时代“钓鱼”和后基因组时代“捞鱼”。


测序数据预处理无疑是生物信息学数据分析的基础。标准化的数据预处理,包括测序质量的监测,Reads的接头去除,获得测序序列,是下游数据分析的良好开端。无论是做基因突变的检测,还是基因拷贝数的计算,都需要一个“正确”的测序数据。CLCbio提供一键式数据预处理方法。只需导入测序数据及接头(primer/adapter)就能够直接获得QC report及Trimmed Sequences。


图二:CLCbio内置workflow,图形化界面,仅用鼠标就能完成测序数据预处理。


处理好原始数据后,接下来,不同的实验目的,需要用的分析工具也不相同。如果是做WGS或WES则需要对基因的突变位点进行检测、注释;如果是做转录组测序则需要对在mapping之后计算基因的差异表达;如果是做微生物分析则需要进行拼接、微生物分型、病原体的检测等……还有表观遗传分析、小RNA分析、基因组拼接等不同的研究方向,所用的到的工具千变万化,着实难以掌握。CLCbio集众多分析工具于一身,还提供已经设置好的workflow,仅需选择研究的目的,就能够做完分析。


图三:CLCbio提供丰富的分析工具,能够自由选用或使用预制workflow。


到这一步,并没有解答生物科学家的疑问。往往一个实验数据分析,生物学家得到了差异表达基因,突变位点并不能直接说明生物学背后的机理,这时就需要对数据进行深度的理解和挖掘。这一步需要的不仅仅是生物学家自身的背景知识,还需要文献、专业数据库、统计分析来对数据进行解读。然而,要想将自己的实验数据和文献、专业数据库联系起来,往往需要非常多的时间投入。


图四:QIAGEN将文献及专业数据库整合起来,形成内容齐全,结构立体的QIAGEN Knowledge Base。能够用于突变的筛选和注释和生物通路、调控网络挖掘等工作。


QIAGEN 一直致力于为精准医学提供强有力的解决方案,为科研人员提供简洁高效的生信工具。本次生物信息分析培训班我们将邀请资深专家围绕转录组、微生物组、遗传学以及生物医学高通量、生物样本大数据等的分析、整合、理解以及解读,帮助您挖掘实验数据中隐藏的生物学意义,最大程度的价值利用实验数据以及利用大数据浪潮寻找新的解决方案。



二、培训内容


三、培训详情

时间:2019年6月6日

地址:湖北大学生命科学学院二楼报告厅

主办方:湖北大学生命科学学院

源资信息科技(上海)有限公司

联系人:吴志坚

电话:18616137542

邮箱:wzj@tri-ibiotech.com.cn


四、报名方式

扫描二维码报名参与



五、软件简介

IPA

Ingenuity®Pathway Analysis

Ingenuity Pathway Analysis (IPA®)是一款基于云计算的图形化界面生物信息学软件,适用于多组学数据的分析、整合和理解。IPA从生物学通路角度,挖掘实验数据中隐藏的生物学意义,揭秘实验数据价值。

IPA是生物科学家及医学研究人员不可或缺的工具,能大大加速精准医疗的研发进度,无需专业的生信编程能力,人性化的分析窗口和工具为生命科学和转化医学提供强有力的支持。


CLCbio

CLC Genomics Workbench & Biomedical Genomics Workbench

CLC Genomic Workbench(以下简称Gx)是专为生命领域的研究人员设计开发的一款用户友好的、可视化NGS数据分析软件。Gx能够为基因组学、转录组学、表观基因组学和宏基因组学研究提供数据处理的完整方案或定制方案。

CLCbio系列产品为不懂编程但又需要进行二代原始数据处理的生命科学可医学研究人员提供了简便易于操作了理解的解决方案。CLCbio以其高效省时的算法,完整的工具设置,自由组合的工作流程,标准的数据报告受到生命科学人员的青睐。并且CLCbio操作环境不仅能够在普通的台式机或者笔记本电脑上进行高通量二代测序数据分析,还能够为整个实验室或研究所搭建数据分析中心。


HGMD®

Human Gene Mutation Database

人类基因突变数据库(The Human Gene Mutation Database, HGMD®)全面收集引起人类遗传疾病或与人类遗传疾病相关的核基因突变信息。HGMD是查询与人类遗传疾病相关基因综合性突变信息的金标准。HGMD信息来自业内高质量期刊,由遗传学专家人工阅读,搜集、整理与人类遗传疾病有关的基因突变信息,再经过多轮人工质控,最后将此信息收录、归类。

HGMD是人类遗传疾病相关基因突变的信息的金标准数据库。以数据全、更新快在突变遗传研究领域一直处于龙头地位。数据库提供突变第一发现参考文献,是出具突变报告必需信息。并且HGMD还提供基因的位点突变图谱为科研提供方便的查询体验。


IVA

Ingenuity® Variant Analysis

IVA结合强大的分析工具和IKB中精准、精选的生物内容,从人类测序数据中,快速鉴定最引人注目的疾病变异。以已发表的文献结果和疾病生物学知识为基础,根据选择条件,在仅仅几个小时内快速完成数百个样本分析,并根据与路径、基因、生物过程和疾病方面的已知关系发现一些因果变异。

IVA作为突变筛选的工具,不仅能够自定义筛选条件,寻找测序数据中的突变是无影响的还是遗传性的还是和癌症等病症相关,而且能够为查询到的结果直接提供通路学数据,是遗传学研究人员的得力助手。



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