IPA 2018年春季更新

2018-04-10 17:33:11 来源:源资科技市场部

新闻摘要:IPA 2018年春季更新


能够预测代谢通路的活性
      本次更新后,IPA能够根据上传的数据值来预测Ingenuity Knowledge Base中收集整理的300多条代谢通路的活性。预测是由上传数据中分子的上调或下调和代谢通路的关系来预测的。如图一中,显示的一个核心分析中的经典通路分析结果,红色箭头显示出代谢通路。图中,橙红的的代谢通路代表根据上传数据得到的通路为激活状态。图二为Glutathione -mediated detoxification pathway 代谢途径活性预测详图。

 

图一:核心分析的经典通路结果页面展示代谢通路的活性预测。这些代谢通路根据分析用NRF2激活剂CDDO-me处理的小鼠肾脏RNA(vs. DMSO,PMID 26422507)数据推测是激活状态。


 图二:Glutathione -mediated detoxification pathway 代谢途径活性预测详图

  可在IPA帮助文件中查看数据核心分析中预测通路活性使用的方法(或联系我们)。IPA能够从差异基因表达数据、差异代谢组数据或一个将差异基因表达和差异代谢物浓度整合到一个“Observation”中的数据预测代谢活活性。

  同样,在Analysis Match(需另行购买)中也能够在经典通路分析中获得代谢通路活性评分,如图三所示。

图三:Analysis Match中经典通路评分热图也包含了代谢通路信息。


Analysis Match更新的数据样本
     
本次更新在Analysis Match中增加了1100多个数据样本,使IPA中可用的数据样本总数大于8000个。这主要包括两个新的分类,RatDisease(DiseaseLand)和Pediatrics(OncoLand)。表一比较了本版本中的样本数统计值。

表一:用于IPA的Analysis Match分析的样本分类及统计更新样本数。本次更新了1100多个样本用于分析。

 


新的经典通路
     
本次更新添加了两个新的信号通路Adrenomedullin signaling和Iron homeostasis signaling pathway,如下:

 

 

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