GeneXplain 产品2018年第二次更新

2018-08-20 22:21:25 来源:源资信息科技(上海)有限公司

新闻摘要:GeneXplain公司的TRANSFAC,HumanPSD和TRANSPATH数据库在2018年都有更新,GeneXplain数据分析平台在新的一年也进行了界面升级。

摘要:GeneXplain公司的TRANSFAC,HumanPSD和TRANSPATH数据库在2018年都有更新,GeneXplain数据分析平台在新的一年也进行了界面升级。


TRANSFAC 转录因子数据库2018年第二次更新


包含了转录因子、基因组结合位点和DNA-binding Motifs(PWMs)的TANSFAC®数据库本次更新如下:


TRANSFAC®对PWMs进行评估并给出matrix建议

对TRANSFAC数据库中大量的PWMs数据信息进行评估,列出与DNA-Binding motifs结果最佳的2799个转录因子。

用户现在可以从四个物种:脊椎动物,植物,真菌和昆虫选择推荐的PWM的matrix,并且将其用于预测DNA序列上的转录因子结合位点TFBSs的MATCH工具及能进行FMATCH做一组DNA序列的富集转录因子结合位点的预测。


从ENCODE整合新的人类ChIP-Seq实验

本次更新整合了ENCODE从2017年10月到2018年1月公布了164新的人类转录因子结合位点的ChIP-seq实验。更新包含了由122个不同的转录因子结合的2570897个片段,其中有68个转录因子首次具有ChIP-seq实验数据。

采用MATCH工具和其中76个转录因子结合集的位置权重矩阵结合来预测1497691条片段的最佳结合位点。

在CHIP的实验报告中预测的最佳的结合位点以及完整的片段在FASTA和BED的格式呈现,能够由用户指定列出的离片段一定距离范围内的基因列表。


从其他来源的人类ChIP-seq实验

整合了由ReMap2018重新分析的来自于GEO和ArrayExpress的1757人类ChIP-seq数据集。实验涉及48509720个片段由342个不同的转录因子结合,其中190个转录因子之前没有ChIP-seq数据集。从“all peaks”分类的到的Peaks能展现出器官实验的细胞特异性。


Ensemble版本更新

基于Ensemble的91#更新信息同步更新了基因的基因组信息,启动子,以及人类、小鼠、大鼠、恒河猴和拟南芥的ChIP的片段信息。


TRANSFAC 统计



GeneXPlain平台2018年第二次更新



版本  4.9


全新的功能图标

在启始页上添加了全新的易懂的功能图标,可以开始进行各种分析。



更新的用户指南和练习

GeneXplain更新的全新的界面,所以我们也相应的更新了用户指南,指南中包含了所有的新的图标的介绍。当然,指南中也包含了其他关于平台功能的介绍。

对于新用户,我们提供了很多练习数据,这样在几个小时内您就能成为geneXplain分析的数据分析的专家。



数据库列表更新

GeneXplain更新整合了大量的数据库。在本次更新中,我们同样将TRANFAC、TRANSPATH和HumanPSD数据库的第二次更新的数据整合进来。此外,geneXplain平台提供了Ensemble 91和Reactome 63数据库。




PROTEOMETM(HumanPSDTM + TRANSPATH®)2018年第二次更新



HumanPSDTM是包含人蛋白作为疾病生物标记物和药物靶点的数据库,本次更新内容如下:


增加在药物试验中的干预措施

从clinicaltrials.gov收集来的,并且由人工整理的临床试验药物信息达到了172962条。


癌症生物标志物

在数据库中增加了如口腔癌或食管癌这类癌症的基因-疾病相关的信息,达到110961条。


TRANSPATH®哺乳动物信号转导和代谢通路数据库本次更新如下:


人磷酸酶相互作用

由近期的文献收集整理了5412个新的或更新的人磷酸酶和底物的相互作用关系。


整合BioPlex

与BioPlex 2.0 network合作为57890个人类蛋白相互左右添加或更新相关的实验证据。


PROTEOMETM统计数据:




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