2018年IPA秋季更新

2018-10-25 23:05:45 来源:源资信息科技(上海)有限公司

新闻摘要:本次IPA最大的更新是大大加快了核心分析结果的打开速度。除此之外IPA添加了13条经典通路,8万余条findings,并更新了近1800个Analysis Match数据集。

摘要:本次IPA最大的更新是大大加快了核心分析结果的打开速度。除此之外IPA添加了13条经典通路,8万余条findings,并更新了近1800个Analysis Match数据集。


打开IPA核心分析更快更稳定

本次更新加快了IPA核心分析的打开速度!仅仅双击核心分析结果的图标就能够很快打开分析结果,不需要像之前出现长时间等待或打不开的情况。

 

注意:核心分析中的Molecular标签页的内容发生改变,现在Molecular标签页仅会出现上传数据集中用于提交分析的那部分数据(在设置阈值后,获得的analysis ready的分子)。


数据库内容更新

13条新的经典信号通路

Apelin Adipocyte Signaling Pathway

Apelin Cardiac Fibroblast Signaling Pathway

Apelin Cardiomyocyte Signaling Pathway

Apelin Endothelial Signaling Pathway

Apelin Liver Signaling Pathway

Apelin Muscle Signaling Pathway

Apelin Pancreas Signaling Pathway

Endocannabinoid Cancer Inhibition Pathway

Endocannabinoid Developing Neuron Pathway

NER Pathway

SPINK1 General Cancer Pathway

SPINK1 Pancreatic Cancer Pathway

Th17 Activation Pathway


加入约80000新的findings(数据库的findings总量已超650万)

~33,000 new Expert findings

~31,000 new mutation-to-disease association findings from COSMIC

~5000 new cancer mutation disease association findings from COSMIC

~8500 new ontology findings from GO

~1500 new disease-to-target findings from ClinicalTrials.gov

~1700 new drug-to-disease findings from ClinicalTrials.gov

~3800 new protein-protein interactions from the BioGRID database

~800 new protein-protein interactions from the IntAct database

~600 new mouse knockout-to-phenotype findings from MGD (JAX Labs)

~40 new toxicology findings from the Hazardous Substances Data Bank (HSDB)


补充有价值的数据内容

更新microRNA预测靶向mRNA的数据库TargetScan到版本7.2

加入1000余个新的化合物(多数为代谢产物)

为之前未注释的lncRNA加入新的内容

收录整理关于SLE(系统性红斑狼疮)和T细胞耗竭的文献资料


更新Analysis Match样本量

本次更新添加了将近1800个新的Analysis Match数据集(见下文)。Analysis Match通过将IPA数据集放在数千个AM数据库中一起对比分析,从而更深入的对结果进行解读。Analysis Match收入的这些从公共平台来源的数据集全部用统一的均一方法进行处理再进行收录。配合IPA高级分析模块,Analysis Match能够自动匹配具有相似性或相异性的数据集进行比较分析,能够对结果比较、验证、解释,并更好地理解疾病、基因和网络之间的因果关系。

表1:本次更新后,Analysis Match数据集达到了49000个。*大鼠疾病库中冗余LIMMA和Voom-Base的数据集已被删除。现在,GLM和DeSeq2分别专用于芯片和RNA-seq数据。


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