IPA冬季更新——2018最后一次更新!

2018-12-18 14:09:56 来源:源资信息科技(上海)有限公司

新闻摘要:本次更新,整合了新的OmicSoft Land Explorer,能够在Ingenuity Pathway Analysis(IPA)中绘制在同一个基因在GTEx项目中的51个不同人体组织的表达模式。

摘要: 本次更新,整合了新的OmicSoft Land Explorer,能够在Ingenuity Pathway Analysis(IPA)中绘制在同一个基因在GTEx项目中的51个不同人体组织的表达模式。


2018年IPA冬季更新包含了全新的特点:

一、利用OmicSoft Land Explorer在IPA中获得基因的人体组织样本水平的表达谱


本次更新后,可以直接从IPA的Isoform结果中直接获得某一基因在人类组织中的详细表达模式。Land Explorer for IPA工具展示了GTEx Project中51个不同的人类组织中基因水平和可变剪接的基因表达交互图。可以按照组织、供体的年龄或性别对基因表达图谱进行过滤,还能够直接下载该基因的详细样本表达数据。

 

不需要额外注册或手动登录,所有IPA用户能够免费使用Land Explorer for IPA工具。为了能更好地获取数十万个健康或疾病组织的样本,请阅读 OmicSoft Land Explorer(点击查看详情) 的操作介绍。

 

图1-3展示了Land Explorer for IPA的用途,能够给出FABP4的Isoform:FABP4-201(脂肪酸结合蛋白4基因的最长蛋白质同源异构体)相对于其他组织,特异在脂肪和乳腺组织中的高表达。


图1:通过Isoform结果能够直接链接到基因在样本水平上的人类组织表达。单击超级链接(红色框中)以查看提供给IPA用户的Land Explorer网页,该网页绘制了51个不同人体组织中人类基因的Isoform(可变剪接)的表达。也可以在Land Explorer中获得单个基因的表达水平。

 

图2:获得FABP4在人体组织样本中Isoform的表达。图中采用的RNA-seq数据是从GTEx consortium中获得的fastq原始数据,经由OmicSoft(QIAGEN子公司)重新处理的,获得了来自51个不同人体组织采集的大于8000个样本中基因的Isoform的表达谱。每个图表显示一个人类转录本ID(RefSeq或Ensembl,如上所示)的表达值,其中每个圆圈表示一个特定组织样本中的RNA表达量(FPKM)。粉红色的条形图显示了一个box-plot,它概括了该基因的FPKM在该组织或一类组织中的分布。

 

该图也可以切换为基因水平的表达图,如图3所示。  

图3:Land Explorer可以切换为显示基因水平而不是转录本水平的表达图。(1)如图所示,屏幕顶部中间的菜单可以用来切换到“Gene FPKM”。(2)在“添加过滤器”菜单中也有许多可用的过滤条件。(3)在默认情况下,组织按照类似的类型分组。例如,可以从一“行”的大脑开始,使用“分组”菜单选择“组织详细类型”以展开显示所有单个组织。

 

二、加快比较分析进程,获得更佳结果

本次更新后,在IPA中能更快的创建并打开一个比较分析。并采用Benjamini-Hochberg correction对比较分析的结果进行严格的统计校正。现在,B-H校正的p值可用于在Canonical Pathways 和Disease and Function选项卡中进行显示和过滤,如图5所示。


图4:对比之前的版本,本次更新大大加快了比较分析的打开速度。


图5:Benjamini-Hochberg校正的p值现在可以在比较分析中进行显示和过滤。在Canonical Pathways选项卡和.Disease and Functions选项卡中,您可以按B-H p值对热图正方形进行着色,并且可以使用如图所示的过滤器来隐藏不符合您输入的阈值的行。


三、IPA数据库内容更新

两条新的信号途径

• FAT10 Cancer Signaling Pathway

• T Cell Exhaustion Signaling Pathway

 

添加了约104000个新findings(findings总数超过660万个),包括:

~38,500 new Expert findings

~400 new ExpertAssist findings

~50,800 new cancer mutation disease association findings from COSMIC

~1300 new ontology findings from GO

~2100 new disease-to-target findings from ClinicalTrials.gov

~1500 new drug-to-disease findings from ClinicalTrials.gov

~9000 new protein-protein interactions from the BioGRID database

~700 new protein-protein interactions from the IntAct database

~160 new mouse knockout-to-phenotype findings from MGD (JAX Labs)

~150 newly mappable chemicals

 

Analysis Match更新

Analysis Match样本数据库将于2019年1月4日在IPA中更新。如表1所示,这个版本中将添加超过3500个新的Analysis Match数据集。

Analysis Match通过将从公共来源的数据集导入到IPA中进行分析,获得具有大数据生物学意义的分析结果来增强生物学的解释和发现。

由IPA高级分析出发,Analysis Match能够自动识别与待分析数据具有显著相似性和差异的数据分析,能够比较结果、验证假设和更好地理解疾病、基因和上游调控因子网络之间的因果关系。


表一: 2019年1月4日Analysis Match将增加3500余个数据集,总数据集数量将超过52000个。


【责任编辑:(Top) 返回页面顶端
Copyright © 2008 - 2019 Tri-ibiotech.com All Right Reserved. | 备案许可证: 沪ICP备11020704.