2019年IPA夏季更新

2019-07-04 13:12:16 来源:源资信息科技(上海)有限公司

新闻摘要:在My Pathway的overlay工具中,有一个能为通路或分子网络添加数据内容的工具:Analysis,Datasets & Lists。之前想把数据添加入网络或通路需要手动寻找相应的数据集或者分析,本次更新后能通过搜索快速数据内容添加到任何网络或路径中。如果购买了Analysis Match模块的小伙伴能够直接把OmicSoft的数据集的数据内容也加入到通路和分子网络中。


能通过搜索数据集为网络或通路添加数据内容


在My Pathway的overlay工具中,有一个能为通路或分子网络添加数据内容的工具:Analysis,Datasets & Lists。之前想把数据添加入网络或通路需要手动寻找相应的数据集或者分析,本次更新后能通过搜索快速数据内容添加到任何网络或路径中。如果购买了Analysis Match模块的小伙伴能够直接把OmicSoft的数据集的数据内容也加入到通路和分子网络中。


图一:用搜索为经典通路添加数据内容。在Overlay > Analyses, Datasets, & Lists的菜单中点击“Add…”按钮可以像之前一样手动选择数据内容,也能用关键词、通配符、短语来搜索相应的数据内容。


这一更新能够快速的将任何数据内容添加入感兴趣的通路或分子网络中。图二展示了为经典通路Interferon Signaling Pathway加入小鼠肺部感染甲流病毒与未感染对比的数据内容(来自Omicsoft的GEO样本数据GSE36328)

图二:多重“甲流病毒感染”分析数据内容加入了Interferon Signaling Pathway通路中。选择数据小鼠肺部感染甲流病毒与未感染对比的数据内容(来自GEO样本数据GSE36328)


在核心分析结果中加入新的过滤方式,便于获得重要的分析内容

本次更新后,在核心分析结果的选项卡中可以对多列结果进行筛选,帮助您缩小的结果范围。此外,还能使用小于(<)或大于(>)符号来筛选结果。


图三:核心分析中新过滤器的示例。屏幕截图显示为上游分析中可对p值进行过滤。寻找Z-score>2.2,p值<0.01的基因、RNAs或蛋白质。


新的过滤器可以在以下选项卡中找到:上游分析、疾病和功能、上游影响,网络和分子。一些过滤器也出现在比较分析中。


Analysis Match的数据和分析描述更清晰


样本处理与对照的详细信息将在metadata栏最上面统计成表格。并且添加一个新内容Comparison Context,其中罗列出数据集重要信息比如:生物体、组织和平台)。如图四显示:

图四:更清晰的metadata内容。Metadata栏已经重新组织。加入一个对样本处理对对照的总结性表格,并且添加一个新内容Comparison Context,其中罗列出数据集重要信息比如:生物体、组织和平台)。


如果在上传数据中,按照IPA的要求填入相应的metadata信息,则这些内容也会自动显示在Comparison Context中。


本版本中解决的软件bug


•支持项目搜索中的通配符搜索(即在搜索中添加星号,如卵巢*,或*NFE2*)。

•导出经典通路时,实现分子列表的字母排序。

•在上游分析中纠正了偏差校正z-分数的排序。

•在比较分析中点击基因heatmap按钮时出现异常错误已解决。

•文本和Excel从比较分析中的基因heatmap导出时加入了测量值。

•上传过程中选择多个ID列时出现的问题已得到纠正。

•从疾病和功能证据创建数据集时不再发生异常错误影响。

•手动输入的metadata如今也应用到分析中。


数据库内容更新


添加两条经典信号通路:

Systemic Lupus Erythematosus in T Cell Signaling Pathway 

Pd-1, Pd-L1 Cancer Immunotherapy Pathway 


添加约96000条新findings(findings总数已超680万),包括

~40,000 new Expert findings 

~34,000 new protein-protein interactions from the BioGRID database 

~6000 new protein-protein interactions from the IntAct database 

~1700 new ontology findings from GO 

~1700 new disease-to-target findings from ClinicalTrials.gov 

~1900 new drug-to-disease findings from ClinicalTrials.gov 

~250 new mouse knockout-to-phenotype findings from MGD (JAX Labs 


Analysis Match分析升级

本期更新加入约4000个新的分析


第三方数据库版本

【责任编辑:(Top) 返回页面顶端
Copyright © 2008 - 2019 Tri-ibiotech.com All Right Reserved. | 备案许可证: 沪ICP备11020704.