自动分子处理

在进行柔性对接之前，ICM-Docking可以对小分子配体进行准备工作，包括在局域拓扑连接的基础上分配MMFF原子类型，为配体加氢，分配电荷以及分子中可旋转键的识别。同时，ICM-Docking支持分子构象2D，3D之间的相互转换。


可视化格点电势

在柔性对接对接位点的确认时采用可视化的格点电势，使得对受体对接位点的确认更加方便快捷。


小分子配体对接 

ICM-Docking提供了一系列独特的工具来模拟配体和蛋白之间的相互作用，利用格点的相互作用电势灵活的将全柔性的配体分子快速准确的对接进入受体蛋白分子中，同时允许用户任意指定全原子显示的蛋白受体某一侧链的柔性。

小分子配体的对接属于多构象对接，在对接过程中，ICM-Docking使用了随机的全局优化的方法产生配体的多构象，该过程将伪布朗的位置/扭转角步骤和快速的局部梯度优化方法联用。在优化算法中使用了连续可导的格点电势以达到局部优化的尽快收敛。ICM的对接算法可以跟踪分析优化轨迹以避免陷入次优构象，同时允许客户进行高效的分子构象空间搜索。对接配体所在的蛋白结合口袋可以添加表面，同时可将蛋白或受体的相关特性投射到所添加的表面上。


蛋白-蛋白对接  

ICM-Dock包含了一个得到广泛验证的非常成功的算法，该算法不仅可以进行蛋白-蛋白对接，还可以预测蛋白之间相互作用的位点。在进行蛋白-蛋白对接时利用格点电势进行快速刚性的全局搜索，使用柔性侧链进行诱导契合以得到最优的对接构象。使用ICM优化对接区域方法预测蛋白作用位点，并用颜色标注蛋白-蛋白相互作用的热区，使用交互式表单针对每个氨基酸残基的ODA进行预测。如果没有预测的蛋白对接位点的话可以直接在整个蛋白表面对接。对接结果包含范德华作用，氢键作用，疏水作用，极性溶剂化能，脂性溶剂化能以及相关加权因子等。
  
相关案例：
1、ICM曾被用于从头对接一个溶菌酶到相应的抗体上，精度达到1.6Å（和晶体结构中配体构象的RMSD值） (Nature Struc.Biol., 1994, 1,259）。
2、Maxim Totrov and Ruben Abagyan 使用ICM的伪布朗对接和ICM侧链柔性限定等方法准确预测了β-内酰胺酶和蛋白抑制剂的结合方式（Nature Struc.Biol., 1996,3,290）。


多肽-蛋白对接

ICM-Dock除了配体-蛋白对接和蛋白-蛋白对接以外，还可以进行蛋白和柔性多肽的对接，此时对接算法使用了ICM的OBMCM全局优化的方法，并且使用了格点电势进行快速刚性的全局搜索。该对接过程和蛋白-蛋白对接相似，都属于柔性对接，使用诱导契合的方法以得到最优的对接构象。

 
相关案例：
1、含有SH2和PTB结构域的配体和蛋白的对接（Folding & Design, 1998, 3, 513）
2、霍乱毒素衍生肽和抗体的无限制柔性对接（Structure, 1999, 7, 663）