Amber（Assisted Model Building with Energy Refinement）这个名词通常涉及两个产品：一个是一套生物分子模拟的分子立场；另一个是由TSRI&UCSF发布的包含代码和演示的分子模拟软件包，由AmberTools和Amber组成，Amber是一个多个程序的集合包，大约包含50多个程序，相互协调工作。
Amber
Amber（Assisted Model Building with Energy Refinement）这个名词通常涉及两个产品：一个是一套生物分子模拟的分子立场；另一个是由TSRI&UCSF发布的包含代码和演示的分子模拟软件包，由AmberTools和Amber组成，Amber是一个多个程序的集合包，大约包含50多个程序，相互协调工作。
主要的程序有
sander：Simulated annealing with NMR-derived energy restraints，用来自NMR的能量限制模拟退火。可以基于来自NOE的距离限制和扭转角限制、基于化学位移和NOESY值的性能损失函数，进行NMR的精细化。Sander也是用于分子动力学模拟的主程序，并且支持QM/MM(量化/动力学)运算。 nmode：使用一阶和二阶导数信息进行简正模式分析的程序，用于寻找局域最小值，进行振动分析，寻找过渡态。 LEaP：X-window程序，用于基本模型，AMBER坐标和参数/拓扑文件的创建。它包含分子编辑器，可以创建氨基酸残基并对大分子进行修饰。 antechamber：该程序套件对大多数有机分子和金属配位中心自动产生力场描述。它从结构开始（通常是PDB格式），产生LEaP可识别的文件用于分子模拟。要求对蛋白质和核酸产生的力场与通常的Amber力场一致，另外还可以和高斯兼容，生成高斯计算的输入文件用于量化计算。 ptraj和carnal：用于分析MD轨迹，计算参考结构的RMS偏差，氢键分析，时间相关函数，扩散特性，等。 mm_pbsa：脚本，对MD轨迹自动后期处理，用连续溶剂方法进行热力学分析。它能够把能量归属到不同的氨基酸残基片断中去，并估算不同构像之间的自由能量差。 pmemd：这是一个在sander基础上进行重大修改的程序（最初由Bob Duke发起），用于优化周期性、PME模拟以及GB模拟过程。新版本Pmemd的计算速度要比Sander快，而且更适用于并行。此外，11版新增NVIDIA GPU加速，因此，它通常是一可选程序，除非你需要的选项它不支持。在新版模型中，我们可以理解为：sander是研究新的性质的有效手段，pmemd如同“生产”的代码，是实现Sander常用的一个行之有效的工具，在高性能环境中表现良好。 ptraj：这是用来分析MD轨迹，计算的各种数据，如：相关结构的均方根偏差，氢键分析，时间相关函数，扩散行为等等。
主要的程序有
sander：Simulated annealing with NMR-derived energy restraints，用来自NMR的能量限制模拟退火。可以基于来自NOE的距离限制和扭转角限制、基于化学位移和NOESY值的性能损失函数，进行NMR的精细化。Sander也是用于分子动力学模拟的主程序，并且支持QM/MM(量化/动力学)运算。 nmode：使用一阶和二阶导数信息进行简正模式分析的程序，用于寻找局域最小值，进行振动分析，寻找过渡态。 LEaP：X-window程序，用于基本模型，AMBER坐标和参数/拓扑文件的创建。它包含分子编辑器，可以创建氨基酸残基并对大分子进行修饰。 antechamber：该程序套件对大多数有机分子和金属配位中心自动产生力场描述。它从结构开始（通常是PDB格式），产生LEaP可识别的文件用于分子模拟。要求对蛋白质和核酸产生的力场与通常的Amber力场一致，另外还可以和高斯兼容，生成高斯计算的输入文件用于量化计算。 ptraj和carnal：用于分析MD轨迹，计算参考结构的RMS偏差，氢键分析，时间相关函数，扩散特性，等。 mm_pbsa：脚本，对MD轨迹自动后期处理，用连续溶剂方法进行热力学分析。它能够把能量归属到不同的氨基酸残基片断中去，并估算不同构像之间的自由能量差。 pmemd：这是一个在sander基础上进行重大修改的程序（最初由Bob Duke发起），用于优化周期性、PME模拟以及GB模拟过程。新版本Pmemd的计算速度要比Sander快，而且更适用于并行。此外，11版新增NVIDIA GPU加速，因此，它通常是一可选程序，除非你需要的选项它不支持。在新版模型中，我们可以理解为：sander是研究新的性质的有效手段，pmemd如同“生产”的代码，是实现Sander常用的一个行之有效的工具，在高性能环境中表现良好。 ptraj：这是用来分析MD轨迹，计算的各种数据，如：相关结构的均方根偏差，氢键分析，时间相关函数，扩散行为等等。
