TRANSPATH

TRNASPATH是哺乳动物信号转导和代谢通路的数据库，是创建很早的通路数据库之一，至今已收录458,000多条人工总结的反应。TRNASPATH数据库内容可用于geneXplain平台的通路分析。

TRANSPATH数据库关于分子通路的反应层级

TRANSPATH根据多种反应层级，收集基因、分子和反应的信息，数据库精细复杂的结构造就了它是优质的概念化科学通路资源之一，适合多种用途。专家从所有开放资源与商业资源的大量通路数据资料中人工提取、总结信息，进一步完善TRANSPATH数据库内容。

每个反应采用严格的机制方式，记录了所有实验细节，包括参与发表的实验反应的所有物质与每个分子的分类来源（分子证据水平）；积累指定通路每个步骤的所有证据，提供更全面的、更完整的通路图（通路步骤水平）；上图展示一个语义图示，仅关注主要物质，忽略机制细节和冗余的小分子（语义投射）。

TRANSPATH

TRNASPATH是哺乳动物信号转导和代谢通路的数据库，是创建很早的通路数据库之一，至今已收录458,000多条人工总结的反应。TRNASPATH数据库内容可用于geneXplain平台的通路分析。

TRANSPATH数据库关于分子通路的反应层级

TRANSPATH根据多种反应层级，收集基因、分子和反应的信息，数据库精细复杂的结构造就了它是优质的概念化科学通路资源之一，适合多种用途。专家从所有开放资源与商业资源的大量通路数据资料中人工提取、总结信息，进一步完善TRANSPATH数据库内容。

每个反应采用严格的机制方式，记录了所有实验细节，包括参与发表的实验反应的所有物质与每个分子的分类来源（分子证据水平）；积累指定通路每个步骤的所有证据，提供更全面的、更完整的通路图（通路步骤水平）；上图展示一个语义图示，仅关注主要物质，忽略机制细节和冗余的小分子（语义投射）。

完整的网络和通路由分子及其之间的反应构成，考虑到原始文献中信息的不均匀性，TRANSPATH数据库采用信息可溯源原则，但是准确区分蛋白分子是根据：

1.在一个基因组中的关联性

明确检索蛋白信息，根据：
1.1指定每个蛋白
1.2指定基因的所有产物（异构体）
1.3不同蛋白家族之间的关系（例如，旁系同源）

2.在不同基因组之间的关联性（直系同源）

3.蛋白之间的相关性和修饰状态
3.1指定蛋白复合物及其准确组成
3.2指定蛋白翻译后修饰的确切位置

在geneXplain平台查看转化生长因子β（TGFbeta）网络，数据来自TRANSPATH数据库。

完整的网络和通路由分子及其之间的反应构成，考虑到原始文献中信息的不均匀性，TRANSPATH数据库采用信息可溯源原则，但是准确区分蛋白分子是根据：

1.在一个基因组中的关联性

明确检索蛋白信息，根据：
1.1指定每个蛋白
1.2指定基因的所有产物（异构体）
1.3不同蛋白家族之间的关系（例如，旁系同源）

2.在不同基因组之间的关联性（直系同源）

3.蛋白之间的相关性和修饰状态
3.1指定蛋白复合物及其准确组成
3.2指定蛋白翻译后修饰的确切位置

在geneXplain平台查看转化生长因子β（TGFbeta）网络，数据来自TRANSPATH数据库。

主要特征

1.专家人工总结、归纳哺乳动物（大部分数据关于人类、小鼠和大鼠）信号或代谢通路涉及的298,000多个分子与80,000多个基因信息
2.1720个实验验证的通路和作用路径
3.评估了60,000多个同行评审的科学文献
4.专家从原始文献提取并评估了489,000多个反应
5.人工注释、质控98,000多个转录因子与位点相互作用
6.在geneXplain平台使用，用户可以自定义通路和网络图示

优势

1.快速获得信号传导和代谢通路组分与反应信息，不需要进行耗时又繁琐的文献检索。
2.建立自定义调控和代谢网络
3.预测感兴趣基因参与的可能性通路
4.使用geneXplain平台高级网络视图技术（基于TRANSPATH数据）

在geneXplain平台，使用TRANSPATH数据库进行通路分析、查看网络图示

2022年更新（点击进入）

主要特征

1.专家人工总结、归纳哺乳动物（大部分数据关于人类、小鼠和大鼠）信号或代谢通路涉及的298,000多个分子与80,000多个基因信息
2.1720个实验验证的通路和作用路径
3.评估了60,000多个同行评审的科学文献
4.专家从原始文献提取并评估了489,000多个反应
5.人工注释、质控98,000多个转录因子与位点相互作用
6.在geneXplain平台使用，用户可以自定义通路和网络图示

优势

1.快速获得信号传导和代谢通路组分与反应信息，不需要进行耗时又繁琐的文献检索。
2.建立自定义调控和代谢网络
3.预测感兴趣基因参与的可能性通路
4.使用geneXplain平台高级网络视图技术（基于TRANSPATH数据）

在geneXplain平台，使用TRANSPATH数据库进行通路分析、查看网络图示

2022年更新（点击进入）