geneXplain

geneXplain平台

geneXplain平台是一个生物信息学的综合性分析平台，适用于生命科学领域的转译研究，主要应用于个性化医学和药物基因组学。geneXplain平台整合了一系列独立模块，这些模块组成的系统为转录组学和蛋白质组学提供完整的生物信息学分析流程。

geneXplain为学术和商业合作伙伴提供了专业服务。

geneXplain平台

geneXplain平台是一个生物信息学的综合性分析平台，适用于生命科学领域的转译研究，主要应用于个性化医学和药物基因组学。geneXplain平台整合了一系列独立模块，这些模块组成的系统为转录组学和蛋白质组学提供完整的生物信息学分析流程。

geneXplain为学术和商业合作伙伴提供了专业服务。

服务

geneXplain公司历经20多年的发展，解决了大量的生物学问题，积累了丰富的数据分析经验。geneXplain可以为生物标志物发现、药物靶标鉴定、新药物搜索和新药物应用等方面的研究提供支持。

geneXplain公司提供的分析工具与数据库

TRANSFAC数据库——全面的真核生物转录调控数据库，拥有全面的转录因子及其结合位点与miRNA信息
TRANSPATH数据库——目前全球较为庞大的通路、网络数据库之一，特别适合geneXplain的上游分析模块
HumanPSD——连接通路、靶标、药物和临床试验的丰富的信息资源
PASS和PharmaExpert——定性预测化合物的生物活性
GUSAR——创建QSAR模型和定量预定化合物活性

服务

geneXplain公司历经20多年的发展，解决了大量的生物学问题，积累了丰富的数据分析经验。geneXplain可以为生物标志物发现、药物靶标鉴定、新药物搜索和新药物应用等方面的研究提供支持。

geneXplain公司提供的分析工具与数据库

TRANSFAC数据库——全面的真核生物转录调控数据库，拥有全面的转录因子及其结合位点与miRNA信息
TRANSPATH数据库——目前全球较为庞大的通路、网络数据库之一，特别适合geneXplain的上游分析模块
HumanPSD——连接通路、靶标、药物和临床试验的丰富的信息资源
PASS和PharmaExpert——定性预测化合物的生物活性
GUSAR——创建QSAR模型和定量预定化合物活性

geneXplain平台界面图示

主要特征

1.收集、存储和分析实验数据
2.分析多种类型数据，如：芯片、ChIP-seq、RNA-seq、蛋白组学、NGS和GWAS数据等
3.依据TRANSFAC数据库，全面分析转录调控区域
4.预测miRNA结合位点
5.富集分析
6.依据TRANSPATH数据库，分析网络聚类、主调控子、潜在生物标志物与药物靶标
7.70多个已设定的分析流程（特定分析流程）
8.使用图像编辑工具自定义分析流程
9.添加用户编程的Java脚本和R脚本

geneXplain平台界面图示

主要特征

1.收集、存储和分析实验数据
2.分析多种类型数据，如：芯片、ChIP-seq、RNA-seq、蛋白组学、NGS和GWAS数据等
3.依据TRANSFAC数据库，全面分析转录调控区域
4.预测miRNA结合位点
5.富集分析
6.依据TRANSPATH数据库，分析网络聚类、主调控子、潜在生物标志物与药物靶标
7.70多个已设定的分析流程（特定分析流程）
8.使用图像编辑工具自定义分析流程
9.添加用户编程的Java脚本和R脚本

geneXplain平台功能

1.基因组变异功能分析
分析流程定位SNP对应的基因，预测SNP对基因编码区域和调控区域的可能性影响，影响调控的SNP与附近的转录因子结合位点相关。用户可以使用内置的基因组浏览器查看分析结果，将分析结果以几种格式导出。

2.分析基因组调控区域的转录因子结合位点
使用TRANFAC数据库丰富的位置权重矩阵库，预测基因序列的可能性转录因子结合位点。另外，平台专为共调节基因提供复合模块。

3.网络分析
平台使用合适的算法生成网络，预测主调控子（红色节点）调控的一组基因（绿色节点），具有统计学意义。
GeneWays是支持网络分析的数据库之一，由A. Rzhetsky创建，数据库内容是从文献中挖掘信息归纳总结组成的[Iossifov et al., PLoS Comput. Biol. 5:e1000559, 2009]。

来自于BIOBASE公司的产品TRANSPATH数据库是支持网络分析的另一个数据库，TRANSPATH数据库具有人工归纳总结的分子相互作用关系和通路[Krull et al., Nucleic Acids Res. 34:D546-D551, 2006]。

网络分析图示

4.流程管理
特定分析模块组成的分析流程能够以图片形式保存，蓝色长方形表示模块，黄色菱形表示每个步骤的分析结果，作为导入下一个步骤的数据。数据集的分析流程可以通过拖拽需要的分析模块轻松创建。此外，如有需要，用户可在分析流程可以加入Java脚本。

分析流程图示

2022年更新（点击进入）

geneXplain平台功能

1.基因组变异功能分析
分析流程定位SNP对应的基因，预测SNP对基因编码区域和调控区域的可能性影响，影响调控的SNP与附近的转录因子结合位点相关。用户可以使用内置的基因组浏览器查看分析结果，将分析结果以几种格式导出。

2.分析基因组调控区域的转录因子结合位点
使用TRANFAC数据库丰富的位置权重矩阵库，预测基因序列的可能性转录因子结合位点。另外，平台专为共调节基因提供复合模块。

3.网络分析
平台使用合适的算法生成网络，预测主调控子（红色节点）调控的一组基因（绿色节点），具有统计学意义。
GeneWays是支持网络分析的数据库之一，由A. Rzhetsky创建，数据库内容是从文献中挖掘信息归纳总结组成的[Iossifov et al., PLoS Comput. Biol. 5:e1000559, 2009]。

来自于BIOBASE公司的产品TRANSPATH数据库是支持网络分析的另一个数据库，TRANSPATH数据库具有人工归纳总结的分子相互作用关系和通路[Krull et al., Nucleic Acids Res. 34:D546-D551, 2006]。

网络分析图示

4.流程管理
特定分析模块组成的分析流程能够以图片形式保存，蓝色长方形表示模块，黄色菱形表示每个步骤的分析结果，作为导入下一个步骤的数据。数据集的分析流程可以通过拖拽需要的分析模块轻松创建。此外，如有需要，用户可在分析流程可以加入Java脚本。

分析流程图示

2022年更新（点击进入）