本次更新,将经典通路也作为一个可以预测活性变化的节点,添加到分子网络中去,增加了数据分析结果的阐述能力。这些新的通路节点与IPA中罗列的经典通路一一对应,和疾病及生物学功能的节点使用方法类似。可以在分子网络中添加这些节点,并且从整体上模拟这些节点在一个活性网络中的激活或抑制的活性。这一活性模拟仅仅适用于有通络激活模式的经典通路中。
可以将经典通路节点添加到任何网络中来提高网络的说明性。例如,图2显示了在干细胞分化为心肌细胞的核心分析结果中的互动网络中添加经典通路节点的示例。其中一些分子能够激活Apelin Endothelial Signaling和Paxillin Signaling pathways两条经典通路。
也可以将经典通路节点加入到Regulator Effects或其他经典通路的网络图中(如图3、图4所示)。
图3:两个经典通路节点添加入Regulator Effects网络中。用Build>Grow,经典通路节点能够添加进一个核心分析中的Regulator Effects网络中。这些通路的节点在这一实验数据结果中显示了被激活的活性。
图4:经典通路节点添加入另一个经典通路网络中。用Build>Grow,经典通路节点能够添加进一个经典通路网络中。在这一实验数据结果中这一通路节点显示了被抑制的活性。
图5:在经典通路网络中的通路节点也显示出网络动态活性。 IPA中已经有90多个经典通路包含了其他一个或多个通路节点。使用IPA中的MAP工具,可以预测激活c-RAF和JNK蛋白家族对其下游的通路有激活的影响。
通过保存Build工具过滤器简化工作
在My Pathway中使用Build工具栏的Grow和Connect时,有时需要在打开的每个网络或通路上重复执行相同的操作。 例如,每次都需要Grow寻找上游调控因子。本次更新之后,可以在按照需要进行过滤条件设置,并将其报错为默认值。之后,每次使用新的Build工具都会使用保存的设置。不用担心,随时可以在需要时将自定义设置重设为出场默认设置。
图6:在Grow工具中添加了的“另存为项”按钮。如图,ligand-dependent nuclear receptor和 transcription regulator两个节点类型的过滤条件已经被保存为默认值。现在,无论何时打开通路或分子网络,“Grow”工具都将仅添加该类型的分子。 IPA的“应用程序偏好设置”中的“构建偏好设置”面板将显示您保存的设置,如下图7所示。
图7:新的Build preferences过滤面板,可以通过 File > Preferences > Application Preferences…路径找到。
数据库更新内容
加入四个新的经典信号通路:
• Systemic Lupus Erythematosus In B Cell Signaling Pathway
• Netrin Signaling
• HOTAIR Regulatory Pathway
• White Adipose Tissue Browning Pathway
加入了约9万4条新的findings,findings的总数增加到690万条:
~77,000 new Expert findings
~15,000 new ClinVar findings
~1500 new disease-to-target findings from ClinicalTrials.gov
~1600 new drug-to-disease findings from ClinicalTrials.gov
~300 new findings from the Chemical Carcinogenesis Research Information System (CCRIS)
~230 new mappable chemicals have been added.
Conserved Domain Database 更新 (增加了the Isoform View).
Analysis Match分析更新
本次更新了1285个新的分析