TRANSFAC® 2019年夏季更新（版本2019.2）

TRANSFAC® 数据库包含了转录因子、其基因组结合位点和DNA结合基序（PWMs）等内容，本次更新内容如下：

甲基化结合基序矩阵
添加了由 Methyl-HT-SELEX 和HT-SELEX实验获得的1785个人类转录因子矩阵。这一内容发表在 "Yin, Y. et al, Impact of cytosine methylation on DNA binding specificities of human transcription factors, Science 2017 356(6337):eaaj2239, Pubmed PMID: 28473536"中。
在MATCH中，在选择典型甲基化基序分析的时候，添加了这一特定的基序选项。
 
添加了黑腹果蝇启动子 
根据Ensembl 95版的数据和我们建立的虚拟转录起始点算法，本次更新添加了黑腹果蝇19152个启动子。实验严重的转录因子结合位点和来自于dbSNP数据库的360万个位点已经映射到这些启动子序列上。
 
基于保守序列转录因子结合位点注释
从TRANSFAC®中找出人类、小鼠、大鼠和猪基因组中已知的转录因子结合位点，并注释其中高度保守的位点。如果4个物种的序列比对，没有找到一个不匹配位点，则对各自基因组位置的结合位点进行高度保守的注释，获得了1007个新的保守结合位点

。

整合ENCODE，modENCODE 和 modERN 数据库中新的人类和果蝇的ChIP-Seq实验
整合了在2018年7月至2018年12月期间， ENCODE phase 3 and 4 project 发布的21个新的人类转录因子结合位点ChIP-Seq实验。数据集由15个不同转录因子结合的424961个片段组成。
对于黑腹果蝇，增加了modENCODE 和 modERN发布的470个转录因子结合位点ChIP-Seq实验。数据集包括由411个不同转录因子结合的2050835个片段，所有这些片段还没有被
 TRANSFAC ChIP-Seq数据收录。
MATCH工具能够利用各自转录因子的现有位置权重矩阵对在183个集合预测共953185个片段上的优质结合位点。

Ensembl版本更新
人类、小鼠、大鼠、猪、猕猴、果蝇和拟南芥的基因、启动子和芯片片段的基因组信息基于Ensembl Release 95版。

 

 

PROTEOME™ (HumanPSD™+TRANSPATH®) 2019年夏季更新（版本2019.2）  

更多临床试验数据
增加了来自clinicaltrials.gov和专家人工整理的204740个新 Clinical Trial-Drug 数据，使
 CT-Disease-Drug 关联信息达到401836个。
 
使用Human Protein Atlas进行GO cellular compartment注释
使用Gene Ontology Cellular Compartment 条目能够获得来自Human Protein Atlas
的12073个亚细胞定位信息。 

TRANSPATHC®数据库包含哺乳动物信号转导和代谢通路的信息，本次更新内容如下：
 
反应次数增加
增加了18087例人或小鼠蛋白质之间的新结合反应，例如包括人类GPCRs和其他膜蛋白或细胞质内蛋白的结合反应。
并且为已经收录的5071例现有的反应添加新的原始文献实验证据。 

改进通路的搜索结果
路径搜索结果现在包含不同节点（蛋白质及其翻译后修饰形式、基因、miRNA和复合物）的个数，有助于评估结果中网络的大小。 

统计信息：