AI-enriched COMPUTATIONAL SIMULATION
AI计算模拟
以AI、大数据分析及数字化工作流为基础的综合计算模拟解决方案
服务
geneXplain公司历经20多年的发展，解决了大量的生物学问题，积累了丰富的数据分析经验。geneXplain可以为生物标志物发现、药物靶标鉴定、新药物搜索和新药物应用等方面的研究提供支持。
geneXplain公司提供的分析工具与数据库
TRANSFAC数据库——全面的真核生物转录调控数据库，拥有全面的转录因子及其结合位点与miRNA信息
TRANSPATH数据库——目前全球较为庞大的通路、网络数据库之一，特别适合geneXplain的上游分析模块
HumanPSD——连接通路、靶标、药物和临床试验的丰富的信息资源
PASS和PharmaExpert——定性预测化合物的生物活性
GUSAR——创建QSAR模型和定量预定化合物活性
geneXplain平台界面图示
主要特征
1.收集、存储和分析实验数据
2.分析多种类型数据，如：芯片、ChIP-seq、RNA-seq、蛋白组学、NGS和GWAS数据等
3.依据TRANSFAC数据库，全面分析转录调控区域
4.预测miRNA结合位点
5.富集分析
6.依据TRANSPATH数据库，分析网络聚类、主调控子、潜在生物标志物与药物靶标
7.70多个已设定的分析流程（特定分析流程）
8.使用图像编辑工具自定义分析流程
9.添加用户编程的Java脚本和R脚本
geneXplain平台功能
1.基因组变异功能分析
分析流程定位SNP对应的基因，预测SNP对基因编码区域和调控区域的可能性影响，影响调控的SNP与附近的转录因子结合位点相关。用户可以使用内置的基因组浏览器查看分析结果，将分析结果以几种格式导出。
2.分析基因组调控区域的转录因子结合位点
使用TRANFAC数据库丰富的位置权重矩阵库，预测基因序列的可能性转录因子结合位点。另外，平台专为共调节基因提供复合模块。
3.网络分析
平台使用合适的算法生成网络，预测主调控子（红色节点）调控的一组基因（绿色节点），具有统计学意义。
GeneWays是支持网络分析的数据库之一，由A. Rzhetsky创建，数据库内容是从文献中挖掘信息归纳总结组成的[Iossifov et al., PLoS Comput. Biol. 5:e1000559, 2009]。
来自于BIOBASE公司的产品TRANSPATH数据库是支持网络分析的另一个数据库，TRANSPATH数据库具有人工归纳总结的分子相互作用关系和通路[Krull et al., Nucleic Acids Res. 34:D546-D551, 2006]。
网络分析图示
4.流程管理
特定分析模块组成的分析流程能够以图片形式保存，蓝色长方形表示模块，黄色菱形表示每个步骤的分析结果，作为导入下一个步骤的数据。数据集的分析流程可以通过拖拽需要的分析模块轻松创建。此外，如有需要，用户可在分析流程可以加入Java脚本。
分析流程图示
2022年更新（点击进入）
