TRANSFAC

TRANSFAC数据库

TRANSFAC数据库是一个全面的真核生物转录调控的数据库，数据能够追溯到1988年第一例转录因子及其结合位点的信息。它整合了其他数据库的信息，如：TRANSCompel数据库（组成元件数据库）和TRANSpro数据库（全面收集人类和其他8种基因组的启动子数据库）。

TRANSFAC能够添加到geneXplain平台，提供全面的转录因子与DNA结合信息，为geneXplain平台提供先进的序列分析。


真核生物转录因子百科全书

TRANSFAC数据库是全面的真核转录因子百科全书，通过总结大量科学文献内容，归纳并记录了每个转录因子的结构属性和功能属性。

主要特征

相互联系的报告连结转录因子，转录因子实验表征的结合位点和受调控的基因，以及启动子报告(含有映射注释的转录因子结合位点和高通量数据ChIP-seq等) 。

70,000多个转录因子结合位点报告，其中包括300多个物种的原始文献详细信息，主要关注的物种是人类、小鼠、大鼠、酵母和植物。

23,000多个转录因子(1,200 miRNA) 报告，提供GO功能、相关的疾病和表达模式信息。

提供67,000多个手动注释的转录因子 — 位点相互作用； 以及57,000多个miRNA-靶标位点相互作用的信息。

2,000多个包含27M转录因子结合片段/间隔的高通量TFBS ChIP实验报告，其中许多被注释为具有优质得分结合位点和邻近基因，以及161 DNase超敏性ChIP-Seq实验，包含15M片段和 1M组蛋白修饰片段。

7,000多个结合位置权重矩阵被用在MatchTM，FMatch，CMsearch和部分geneXplain模块中来预测转录因子结合位点。

超过360,000个的启动子报告，涵盖了人类和9个其他物种，其中包括转录起始位点，CpG岛，单核苷酸多态性（SNP）和其他注释。

包括用于转录因子结合位点预测，从头基序识别，基质比较和miRNA调控子识别的工具。

此外，还包括一种通路可视化工具，用于构建定制已被实验证明的因子-DNA和因子–因子相互作用的调控网络，以及一个功能分析工具用于鉴别在分析的基因集中的共享属性。


结构

TRANSFAC数据库的核心内容是真核转录因子和转录因子结合位点。结合位点是一个转录因子结合位置权重矩阵（Positional Weight Matrices, PWM），PWM反映每个核苷酸在已知和已比对的TFBS上被发现的频率，即每个位置的碱偏好性。TRANSFAC数据库根据转录因子的DNA结合域属性，将转录因子分类。