2021年IPA冬季更新

预览疾病和表型网络图

通过机器学习的方式挖掘QIAGEN知识库，IPA中创建了疾病、表型和功能的网络图。每个网络图中有许多已知的参与特定疾病的基因，而另一些基因对疾病的影响只是推测，这些基因可能成为该疾病或其病因的新参与者。用户在IPA中可直接查看近1600种疾病和表型的网络图（在上图所示的Project Manager中双击即可打开）。
 

上图显示了PathTracer功能下的Psoriasis（银屑病）网络图，表明TANK与其他基因相关，但与银屑病或其他表型暂无已经证实的直接关系。该网络图中高亮部分所展示的关系恰好被一篇文献提及(https://dx.doi.org/10.3390%2Fijms21249365)：“TANK可能与银屑病相关”。这个例子表明IPA通过机器学习构建的网络图对于预测潜在的相互作用非常有用，可以为科研工作者提供有价值的参考。
 
这些网络图的具体使用方法：
1）在网络上overlay您自己的分析或数据集；
2）将网络复制到您自己的项目文件夹中，并在您自己的分析中使用它们进行p值评分；
3）单击Pattern Search按钮，探索OmicSoft中的分析是否具有匹配或反匹配特定网络图的表达模式。

Land Explorer快捷按钮

在主界面的右上角，用户可以直接连接到Land Explorer，探索近11万个数据集（具体数据统计如下表）。当然，这些数据集除了可以在Land Explorer中进行分析外，还可以在Analysis Match、Activity Plot、Pattern Search中进行分析。