各个模块的功能如下:
蛋白复合物的溶剂可接触表面的结合口袋鉴别;
识别结合口袋内的有利氢键、金属键和疏水区;
将官能团对接到目标位点以形成结构生成的起始片段;
满足结合口袋立体场限制的基团用来构建化合物骨架;
对化合物的结合能力、复杂性和合成可行性进行打分排序,搜索子结构。
特点:
它是一个复杂的de novo软件工具
以PDB格式打开目标分子的晶体结构
拥有先进的3D图形可视化工具,用于显示检测到的靶标结合位点、生成的结构、靶标蛋白和边界表面
可进行以下控制:
各种程序指导结构生成过程、靶标位点的尺寸和形状、结构到腔和靶位点的对接等。
可自行选择添加片段和对接位点
导入、编辑分子、定义核结构
通过新键、螺环和环融合将片段连接起来产生新结构
通过执行系统的穷举搜索产生满足立体约束和调整参数的所有结构
在搜索大型数据库时应用双向搜索以解决在大型搜索期间的组合大爆炸
连续地表示搜索区域和靶标位点,而不是一组离散点
提供通过在节点之间分布搜索在集群上远程执行结构生成过程的选项
提供帮助您选择您感兴趣结构的工具:
结合亲和力的打分
结构复杂性评分
子结构搜索
将结果保存为PDB,MDL SDfile和Postscript格式
将结果保存成SPROUT的文件格式,可重新加载以继续设计新结构
支持的操作系统:
Linux
Mac OS X