SPROUT-HitOpt

SPROUT-HitOpt用于药物设计中的化合物结构优化。

 
 在SPROUT-Hit中执行优化的两种方法

核心结构扩展
核心结构扩展允许添加单体到核心结构的各个可能结合位点。SPROUT-HitOpt使用一组合成化学规则来鉴定核心分子上的“反应性官能团”作为可能的延伸点。 在这些延伸点，来自用户定义的单体库的单体被系统地添加到核心分子以产生新化合物。 单体通过合成反应连接到核心结构。
 
单体替换
单体替换使用逆合成分析来鉴定一个或多个结合配体内的单体。 然后，这些单体以组合方式被取自单体库的结构相关分子替代，以产生新的分子结构。
 
特点
这是一个优化命中化合物结构的工具
以PDB格式打开目标分子的晶体结构
拥有先进的3D图形可视化工具，用于显示检测到的靶标结合位点、生成的结构、受体蛋白和边界表面
提供两种优化模式：核心结构扩展和单体替换
提供通过修改导入结构来定义分子核心结构的工具
能够生成定制单体库
两种模式下，执行系统和穷举搜索以产生满足立体约束的所有结构
核心结构扩展应用合成反应以将单体连接到核结构
提供通过在节点之间分发搜索来在集群上远程执行核心结构扩展过程的选项
 
提供帮助您选择您感兴趣结构的工具：
结合亲和力的打分
结构复杂性评分
子结构搜索
 
将结果保存为PDB，MDL SDfile和Postscript格式
将结果保存成SPROUT的文件格式，可重新加载以继续设计新结构
 
 
支持的操作系统：
Linux
Mac OS X