引言：
在刚开始学习使用Pirana这个便捷的定量药理学模型分析管理工具的时候，因为Pirana连接有很多第三方工具，这些第三方工具有些我们相对熟悉，有些知之甚少，这导致我们容易遇到一些表现相似却原因各有不同的一些问题；本文介绍了一些在使用Pirana软件调用R脚本时常遇到的问题，并予以了解答，供读者参考。
目录：
1. 缺少用于绘制所需的变量
2. 无法定向到对应文件夹，VPC图等无法绘制（快速刷新）
3. 单击运行脚本后毫无反应（无报错、也无结果）
4. 绘制出的图中有很多点的DV的值为0
1.缺少用于绘制所需的变量
问题描述：
运行某一个“R脚本(R Scripts)”后，出现报错，在“报错信息提示框”的下部可以看到类似图中的红色警告文字“The variable(s) *** were not found. Please check your output tables.”（未找到 “***” 变量，请检查您的输出的表格。）
问题分析：
出现该问题的原因是当前的“R脚本(R Scripts)”所绘制的图片需要一些指定的“变量”，而当前所选定的“模型”执行完成之后所输出的表格中可能没有包含这些必须的“变量”，进而导致该“R脚本(R Scripts)”无法正确执行，输出预期的图表。
解决方案：
1. 检查对应的“模型”的文件中所有的“$TABLE”语句块，确认是否缺少“报错信息提示框”所提示的“变量”。
2. 如果“$TABLE”语句块中缺少所需的“变量”，则在“$TABLE”语句块中添加该“变量”，然后重新执行当前的“模型”，之后重新在执行所需的“R脚本(R Scripts)”，以绘制出所预期的图形。
举例：
对于问题描述中的截图，提示缺少“CWRES”变量，则可按一下步骤操作，排除问题：
1.打开对应的“模型”的文件，
2.在“模型”的文件中的“$TABLE”语句块中添加“CWRES”变量
3.保存“模型”的文件
4.重新执行当前的“模型”
5.重新执行“R脚本(R Scripts)”
2.无法定向到对应文件夹，VPC图等无法绘制（快速刷新）
问题描述：
通过调用PsN的VPC命令执行，完成VPC模型的运行，但使用“R脚本(R Scripts)”绘制VPC图时出现一下述提示信息
“This script indicates that a folder with plotting info is required but no (appropriate) folders are currently linked with this model From the Pirana main window, either choose a model to which folder are linked, or select a specific folder directly and run the script”
（此脚本需要一个包含绘图信息的文件夹，但当前Pirana 主窗口中所选择的模型并没有任何一个（适当的）文件夹与此模型链接；用于应当选择一个已经链接到包含绘图信息文件夹的模型，或直接选择一个特定文件夹，然后运行此脚本）
相关截图：
问题分析：
使用当前的“R脚本(R Scripts)”绘制所预期的图形需要一些 “包含有绘图信息的文件夹”，这些文件夹对于当前的“R脚本(R Scripts)”来说是必须的；但是当前用户在Pirana主窗口中所选择的模型并没有链接到这样的文件夹，所以接下来，如果用户要继续使用当前的“R脚本(R Scripts)”绘制所预期的图形，用户要么为当前所选择的模型链接一个“包含有绘图信息的文件夹”，要么直接选择“包含有绘图信息的文件夹”，然后再次调用该“R脚本(R Scripts)”绘制所预期的图形。
如果用户已经成功使用PsN的VPC命令成功完成了VPC的执行，选中对应“模型”后执行此“R脚本(R Scripts)”仍然出现该报错，则可能的原因是由于“模型”未自动与“包含有绘图信息的文件夹”建立链接所导致的。
解决方案：
方案一、启动自动“模型”与“结果文件夹”间自动建立链接的功能
操作步骤：
1. 鼠标左键单击Pirana菜单栏中的“View(视图)”菜单
2. 通过鼠标左键单击，将“Use fast refresh(使用快速刷新)”选项的选中状态切换为“未选中”状态
3. 单击工具栏中的“刷新/重载”工具按钮，刷新Pirana软件的主界面
4. 在Pirana软件的主界面中通过鼠标左键选中所需的“模型”
5. 重新执行所需的“R脚本(R Scripts)”绘制所预期的图形
方案二、手动建立“模型”与“包含有绘图信息的文件夹”间的链接
操作步骤：
1. 在Pirana软件的主界面中通过鼠标左键选中所需的“模型”
2. 鼠标右键单击该“模型”
3. 在右键菜单中依次选择“File actions(文件行为)” →“Attach folders to model(附件文件夹至该模型)”
4. 在新弹出的“Attach folders to model(附件文件夹至该模型)”窗口中左侧，选择需要附加至当前模型的“包含有绘图信息的文件夹”，然后鼠标左键工具按钮“+”，之后鼠标左键单击“Save & Close(保存并关闭)”按钮
5. 单击工具栏中的“刷新/重载”工具按钮，刷新Pirana软件的主界面
6. 在Pirana软件的主界面中通过鼠标左键选中所需的“模型”
7. 重新执行所需的“R脚本(R Scripts)”绘制所预期的图形
方案三、直接选择“包含有绘图信息的文件夹”执行R脚本
操作步骤：
1. 在Pirana软件的工具栏中，通过鼠标左键单击将“Filter on PsN/nmfe-generated folders(筛选PsN/nmfe所生成的文件夹)”单选框，将其切换为“All folders(显示所有文件夹)”模式，
2. 单击工具栏中的“刷新/重载”工具按钮，刷新Pirana软件的主界面
3. 在Pirana软件的主界面中通过鼠标左键选中所需的“包含有绘图信息的文件夹”
4. 重新执行所需的“R脚本(R Scripts)”绘制所预期的图形
3.单击运行脚本后毫无反应（无报错、也无结果）
问题描述：
在Pirana中选择一个“R脚本(R Scripts)”，并通过菜单选择执行该“R脚本(R Scripts)”后，操作系统无任何反应，既没有报错也没有结果生成。
问题分析：
这可能是由于Pirana软件无法正常调用操作系统的“cmd(命令与提示符)”工具导致的，此时可能伴有也无法通过Pirana执行任何模型运行命令。
解决方案：
在系统的环境变量“Path”中添加“C:\Windows\SysWow64\”路径，并保存。
4.绘制出的图中有很多点的DV的值为0
问题描述：
通过“R脚本(R Scripts)”出的图形中有很多的点的DV值0，进而这也导致一些残差图中有些异常，如下图
问题分析：
这是由于绘制图形时将原始中通过MDV或EVID排除掉的一些DV值也用于图形绘制所导致的。
解决方案：
1. 在“模型”文件中的“$TABLE”语句块中，添加输出“MDV”、“EVID”变量。（原始数据中即使没有MDV与EVID字段，也是可以输出的，并且最好输出）
2. 重新执行该“模型”
3. 重新执行所需的“R脚本(R Scripts)”绘制所预期的图形
