CLC Genomics Workbench Premium是一款综合性生物信息学分析工具，其中的单细胞模块能够完成scRNA-seq、scTCR-seq、scBCR-seq、scATAC-seq、CITE-seq、TotalSeq、BEAM、Visium空间组学等数据的分析。近日，CLC单细胞模块发布了今年的第二次更新，包括reads注释和Parse Biosciences分析工具。

01、注释单细胞Reads

Annotate Single Cell Reads工具将一个（或多个）Sequence List作为输入，输出一个（或多个）“注释reads” Sequence List，其中reads仅包含生物序列，并根据相关情况用细胞条形码、UMI和/或标签进行注释。这些经过注释的reads可用于后续单细胞分析、免疫组库分析等。默认设置下，这个工具会更正条形码中的测序错误。它支持reads和/或输入名称中的条形码，并且为10x GEM-X仪器和Parse Biosciences试剂盒提供了新的文库构建选项（如下图）。现在，该工具至少需要一个已定义的细胞条形码和一个未注释的输入。

02、全面支持Parse Biosciences试剂盒产生的数据

现在CLC可以完全支持Parse Biosciences试剂盒产生的数据。QC for Single Cell工具经过提升，基于count和染色体外过滤器（如下图）的阈值使用了适用于双峰数据（bimodal data）（例如来自Parse Biosciences试剂盒的数据）的新方法进行计算。任何类型的数据中存在的doublet都可被删除。

对于Parse Biosciences数据，Demultiplex Parse Bio Samples工具可以根据来源孔将正确的样本分配到细胞（如下图）。

本次单细胞模块更新是今年的第二次，第一次更新详见《【新版发布】亲测好用！CLC v24让您的生信分析轻松走上快车道》（点击阅读）。另外，小编也借此机会给大家带来一篇CLC单细胞文献分享：

文献：OXD1是一种对葡萄膜黑色素细胞发育重要的转录因子，其与高危葡萄膜黑色素瘤相关

虽然原发性葡萄膜黑色素瘤（UM）可以成功治疗，但仍有约50%的患者会发生转移，这背后的机制业界知之甚少。通过重新分析胚胎斑马鱼幼虫的公开单细胞RNA测序数据并用UM数据验证结果，研究人员确定了五种关键的转录调节因子：ELL2、KDM5B、REXO4、RBFOX2和FOXD1。其中最重要的发现是FOXD1，它几乎只在高危UM中表达，并与低生存率有关。FOXD1是一个可能参与UM转移能力的新基因，研究其在UM转移中的功能和作用有助于理解和开发UM的治疗方法。

具体而言，研究人员使用CLC等工具对公共单细胞数据集进行了分析。遇到其他平台没有可用的兼容count数据时，则使用CLC的SRA下载功能导入reads。CLC的单细胞模块提供了用于count数据和reads的默认工作流，所有数据集都使用CLC中可用的默认设置和基因组进行处理。

图注：描绘斑马鱼幼体的单细胞转录组UMAP图

除了对单细胞数据进行流程化的批量分析外，研究人员还使用IPA软件的默认参数进行了核心分析，以预测基因对通路和生物功能的影响。

总之，从这项研究中可见CLC处理大批量数据有着一致性高、操作便捷、结果准确等优势。无论是对公共数据进行二次分析，还是对用户自己产生的数据进行分析，CLC都有相应的数据下载或导入工具。而且CLC软件内还提供经过开发团队测试的成熟工作流，用户无需代码经验即可快速上手高质量数据分析。