MicroRNA Target Filter
microRNA 研究是一个快速发展的领域，它需要依赖各种测试技术以及预测算法来鉴定靶向分子。该领域普遍的一个挑战就是鉴定最具有生物相关性的靶向分子。IPA新的microRNA Target Filter功能能够优化通过实验验证或者预测得到的靶向分子。
IPA中microRNA的工作流程
上传、分析、优化、过滤、可视化microRNA-mRNA 数据及其之间的关系，这些都可以在一个工具中完成。你可以将microRNA和mRNA数据与其他组学数据或者其他高通量的数据结合，从而获得全面化的综合性的生物分析。在microRNA研究中，IPA可以增强您有关亚细胞定位，功能基因家族，药物，通路，疾病等相关知识。
Highlights
利用来自TarBase, miRecords中实验验证的microRNA-mRNA相互作用，以及来自TargetScan中预测的microRNA-mRNA相互作用，IPA中的microRNA Target Filter功能可以洞察microRNAs的生物学作用。另外，IPA包含了来自同行审查文献中大量有关microRNA的发现。
通过检测microRNA-mRNA配对，探索相关的生物背景，根据相关的生物信息以及表达信息筛选，IPA可以更准确，快捷，便利的鉴定出mRNA靶向分子。利用生物背景的功能是IPA解决目前microRNA数据分析面临的固有复杂性这一挑战的关键。
利用IPA，您可以轻松的解决以下问题：
哪个microRNA被预测可以靶向某个给定的mRNA?这种预测的质量如何？
根据实验数据，哪些microRNA具有调控作用，从而支持靶向分子的预测？
哪些microRNA参与了某个相关疾病，亚细胞定位或者通路？
特定的mRNAs与microRNAs之间如何相互作用，它们的下游分子是什么？
哪些microRNAs的上调或下调与实验数据中观察到的基因表达相关？
microRNA表达的变化对细胞过程，通路，疾病以及表型的可能影响是什么？
Capabilities
MicroRNA content:
TargetScan content: 利用预测的microRNA–mRNA结合关系（来自TargetScan，并且根据可信度高低进行划分），鉴定microRNA作用的mRNA靶标。（IPA预测哺乳动物的microRNAs靶标。利用TargetScan算法，寻找和每个microRNA种子区域相匹配的保守的8个核苷酸和7个核苷酸位点对靶标进行预测。）
TarBase content: 利用miRBase标识以及来自TarBase的信息，鉴定实验中证明的microRNA/mRNA。
miRecords: 来自~550篇发表的论文，实验验证的人源，大鼠，小鼠的microRNA-mRNA的相互作用。
Ingenuity®Knowledge Base: Ingenuity科学家根据发表的文献，人工对成千上万microRNA相关的发现进行编译。
在IPA中，利用Ingenuity Knowledge Base中的microRNA信息，寻找mRNA靶标，疾病状态，synonyms，调控子，生物标志物，表达等。（上面的例子是Entrez GenemiR-106的Gene View，它是miR-17家族中的一员。MicroRNA IDs来自miRBase，预测的关系来自TargetScan。）
MicroRNA Target Filter
根据来源、可信度水平、作用或者是否出现在种群，疾病，组织，通路，细胞系，分子中等条件，优化和过滤microRNA-mRNA关系列表。
利用microRNA Target Filter可以将microRNA数据与网络以及通路进行匹配，在网络中添加分子，并且比较来自不同实验观察中的分子。您可以很快地看到microRNA是如何影响来自Ingenuity KnowledgeBase中的信号和代谢途径的，或者您也可以快速地看到，利用IPA搜索和探索功能，您实验中的基因是如何支持提出的假说的。
检测microRNA-mRNA配对，探索mRNAs相关的生物学信息。
没有其他的工具可以让您一步就完成鉴定，过滤，优化microRNA-mRNA相互关系。上面，MicroRNA Target Filter已经根据分子类型或者通路优化了microRNA-mRNA相互关系。
一旦关键的关系被鉴定到，它们可以导出到通路中使其可视化并且用于后学的探索。在这个案例中，IPA从超过13000个潜在的靶标分子中只鉴定出两个TOP蛋白-- KIT and MC1R---它们促使了黑色素细胞的发展和色素信号。它们是10个不同的microRNAs的靶标分子，其中5个在转移性的黑色素瘤中呈现相反的表达模式。
