高通量测序技术现在已经越来越普及，数据积累也呈指数型上升。这些海量数据的高级分析和挖掘是研究中十分重要的一环。临床医学与生信的结合越来越紧密，高通量数据的生信分析可以获得逻辑创新的结论，协助文献发表。然而，据统计，数据科学家80%的时间都花在了整理数据上，每个数据集估计耗费16人时，由此产生的时间成本和人力成本阻碍了数据资源库的维持和拓展。

通过OmicSoft Studio客户端或Explorer网页（点击阅读），用户可以在全图形化界面中对20万+个数据集（每季度新增）进行分析和挖掘，加速生物标志物发现的过程、提高可靠性（点击阅读）。接下来，我们就通过一些文献案例了解下OmicSoft的强大功能吧！

以下两个案例都是通过OmicSoft直接获取大量的样本数据。OmicSoft能够直接通过癌症类型、组织、物种等元素直接筛选获取已经经过OmicSoft平台做过清洗及均一化的数据。并且数据样本量庞大，更能体现分析的统计学意义。因此，无需直接进行病例样本的收集，处理、测序，就能直接获得数据，是OmicSoft平台带来的性价比极高的解决方案。

案例一：实体瘤中组织因子表达的系统性研究

组织因子（Tissue Factor，TF）表达升高已经在多种实体癌中有所报道，并且它与不良预后有关。研究人员比较了组织因子在各种实体瘤类型中的表达，通过OmicSoft OncoLand获得了组织因子mRNA在实体瘤中的表达（FPKM），分析了胶质母细胞瘤（GBM；n=186）、三阴性乳腺癌（TNBC；n=116）、前列腺癌（PRAD，n=502）、非三阴性乳腺癌（n=612）、非小细胞肺癌（LUAD和LUSC，n=1041）、胰腺癌（PAAD；n=179）、宫颈癌（CESC；n=306）、子宫内膜癌（UCEC，n=551）、食管癌（ESCA，n=185）、膀胱癌（BLCA，n=411）等多种癌症的mRNA样本数据。总之，这项研究表明组织因子在多种癌症类型中、在肿瘤扩散和治疗过程中均有表达。

图注：实体瘤中组织因子mRNA的表达

注：这项研究获得了Genmab公司的支持，Genmab是一家丹麦生物科技公司，专门开发用于治疗癌症的差异化抗体疗法。

案例二：在癌症中CYP3A5通过AKT–TXNIP–GLUT1轴调节葡萄糖代谢

CYP3A5是一种细胞色素P450（CYP）酶，在癌症中代谢药物并导致耐药性。然而，目前尚不清楚CYP3A5是否直接影响癌症的进展。研究人员通过OmicSoft OncoLand进行搜索、下载、汇总、可视化分析，不用做实验，就直接获得了32种人类原发性癌症和正常样本中CYP3A5基因的表达（FPKM）。分析结果显示来源于结直肠癌、肾癌、胃癌、胰腺癌或胆管癌的细胞系比其他癌症细胞系具有更高的CYP3A5表达（下图A）。在肾乳头状细胞癌、胰腺癌、肾透明细胞癌、多形性胶质母细胞瘤和皮肤黑色素瘤中，CYP3A5在肿瘤组织中的表达高于正常组织（下图B）。

此外，41个胰腺癌症细胞系的CYP3A5表达谱也来自OncoLand。在所有分析的癌症细胞系中，胰腺导管腺癌（PDAC）细胞系AsPC-1具有最高的CYP3A5表达，而正常胰腺导管上皮细胞系HPNE几乎不表达CYP3A5（下图C）。PDAC细胞很少表达CYP3A4、CYP3A5类似物或其他CYP3A基因产物，这使得PDAC细胞系，特别是AsPC-1，成为研究CYP3A5的良好模型。总之，这些数据表明CYP3A5在PDAC细胞中高度表达，并可能在PDAC进展中发挥重要作用。

图注：原发性癌症和胰腺细胞系的CYP3A5表达谱

在这两个案例中，OmicSoft都为研究者在短时间内获取了大量样本的数据，借助全图形化界面，用户通过点击鼠标即可在数分钟内浏览数以万计的样本，且所有数据均经过人工清洗和整理。在下篇中，我们将继续分享CAR-T细胞疗法靶点选择和抗肿瘤免疫疗法靶点选择方面的应用，敬请关注。

参考文献

1. de Bono, Johann S et al. “Systematic study of tissue factor expression in solid tumors.” Cancer reports (Hoboken, N.J.) vol. 6,2 (2023): e1699. doi:10.1002/cnr2.1699

2. Shao, Ming et al. “CYP3A5 unexpectedly regulates glucose metabolism through the AKT-TXNIP-GLUT1 axis in pancreatic cancer.” Genes & diseases vol. 11,4 101079. 7 Sep. 2023, doi:10.1016/j.gendis.2023.101079