虚拟筛选(Virtual Screening)是指利用计算机模拟技术对大量化合物进行预测和筛选,以发现具有潜在治疗作用的先导药物分子。通过虚拟筛选,研究人员可以在实验室实际合成和测试化合物之前,通过计算机模拟的方式预测化合物的生物活性、药理学性质和毒理学特性,从而减少药物研发的时间和成本。在科研过程中虚拟筛选能够有效地和实验互补,提高论文逻辑合理性以及文章质量。
OpenEye是一款用于药物发现和改造的专业工具,同时兼顾科学导向、计算速度、可拓展性以及平台可用性。聚焦于先导物识别与优化,尤其擅长分子对接( 包含三种对接算法)、基于静电和形状相似性的虚拟筛选(速度非常快)、基于片段的药物设计、预测水分子对蛋白-配体结合作用影响和预测药物构象自由能等。
源资科技以专业虚拟筛选及结构改造工具OpenEye为媒介推出虚拟筛选系列讲座,以实际案例介绍虚拟筛选的原理、方法和应用,帮助科研人员掌握虚拟筛选的技术和应用要点,提高药物研发的效率和成功率。
OpenEye系列课程第三讲
2024年5月16日14:00-15:00
分子对接、配体虚拟筛选、ROCS/AI算法联用
OpenEye的分子对接(Fred,Hybrid,Posit)工具在计算化学领域中独树一帜,通过结合形状匹配和传统的化学相互作用分析,实现了分子对接的高效性和准确性。这种双重筛选机制先利用形状相似性进行快速筛选,缩小候选分子范围,随后通过精细的化学分析深入探索分子与靶点的结合模式,极大提升了药物发现和分子设计的成功率和速度。
OpenEye 的 ROCS模块是一种高级的虚拟筛选工具,专门用于通过形状相似性评估化合物的匹配度。ROCS 不仅能分析分子的三维形状,还可以考虑分子表面的化学特性,更准确地评估药物分子功能相似性。这使得ROCS成为寻找与已知活性分子具有相似结构特征的潜在药物候选分子的理想工具,广泛应用于药物设计和化学研究中的结构导向分析。
| OpenEye分子对接操作流程
相关资料、数据获取
蛋白准备及注意事项
受体准备及注意事项
基于蛋白信息的分子对接
基于蛋白-受体信息的分子对接
对接效率:(0.47s/mol,笔记本,i7-1255U,10核12线程)
| 基于活性药物分子结构(无需受体蛋白)的虚拟筛选(ROCS)
活性化合物确认
活性化合物准备
虚拟库准备
基于活性化合物的虚拟筛选
| ROCS/AI算法联用
ROCS对药物活性影响相关性分析
机器学习/深度学习算法联用
报名方式
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*报名后请添加工作人员微信,加入讲座交流群(群内提供知识分享平台,不定时分享计算化学相关文章、资料)
往期回顾&下期预告
第四讲预告——分子结构优化
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