2024年5月21日，COSMIC发布了第100个版本，其中新增了与人类癌症相关的超过30.7万个体细胞突变的信息。COSMIC v100是20年工作的汇编，基因组变体的总数超过2400万个。COSMIC在数据库架构和方法方面是独特的，它将半自动数据注释与专家人工审编相结合，确保收集广泛而深入的基因组信息，并执行严格的质量控制流程确保一贯的高标准。

这一最新版本在COSMIC成立20周年之际发布，包括来自4482个肿瘤样本的新突变，特别关注BRAF和RAS基因在癌症中的作用。此外，v100还包括全新系列：Experimental Signatures，其中包含不同物种（包括模式生物）不同暴露引起的突变模式。COSMIC v100突出了个性化癌症治疗的新途径，为下一个医学时代构建了蓝图。COSMIC数据库可应用于：

• 识别癌症驱动突变。

• 描述特定癌症类型和肿瘤的突变情况。

• 探索已知和潜在的治疗靶点。

• 发现并验证与癌症预后、治疗反应和患者结果相关的生物标志物。

• 药物敏感性和耐药性研究，深入了解结局背后的遗传因素。

• 基因组流行病学，研究遗传因素如何影响人类健康和疾病。

案例一：高通量单细胞图谱数据集中体细胞突变的从头检测

单细胞分辨率的体细胞突变特征对于研究癌症进化、克隆镶嵌和细胞可塑性至关重要。研究人员描述了SComatic，一种用于直接检测单细胞转录组和ATAC-seq（转座酶可及染色质序列测定）数据集中体细胞突变的算法，无需匹配的bulk或单细胞DNA测序数据。其中，研究人员使用COSMIC特征对高度突变大肠癌样本的上皮细胞中鉴定的突变进行分解，揭示了与POLE和MMR缺乏相关信号的强烈贡献。总之，SComatic支持从头突变特征分析，并在单细胞分辨率下研究克隆异质性和突变负担。

图注：不同癌症中scRNA-seq数据集的突变COSMIC特征

案例二：基于COSMIC的突变数据库提高HLA-I免疫肽的识别效率

新抗原已成为肿瘤免疫治疗中一个很有前途的关注领域。人类白细胞抗原I类分子（HLA-I）向T细胞提供细胞内免疫肽，为鉴定新抗原提供了理想的来源。然而，仅仅依靠WES生成的突变数据库来鉴定HLA-I免疫肽，可能会由于测序深度和样本质量的限制而导致潜在的新抗原被遗漏。研究人员构建并评估了一个基于COSMIC突变数据库的新抗原鉴定扩展数据库。结果表明，基于COSMIC的数据库鉴定出5种免疫肽，而基于HepG2 WES的数据库仅鉴定出1种突变肽，这表明COSMIC在鉴定突变免疫肽方面的有效性。

图注：生成基于COSMIC的数据库

COSMIC由Sanger研究所整理全球癌症基因组数据建立而成，并由专家团队持续维护，它可用于探索新的潜在治疗靶点，并描述癌症的突变全景图。目前COSMIC在全球拥有37,000多名活跃用户，用户群横跨学术界、生物技术和制药行业，包括研究和诊断领域。更多COSMIC应用案例欢迎联系我们获取！

参考文献：

1. Sondka, Zbyslaw, et al. "COSMIC: a curated database of somatic variants and clinical data for cancer." Nucleic Acids Research 52.D1 (2024): D1210-D1217.

2. Muyas, Francesc, et al. "De novo detection of somatic mutations in high-throughput single-cell profiling data sets." Nature biotechnology 42.5 (2024): 758-767.

3. Wang, Fangzhou, et al. "COSMIC-based mutation database enhances identification efficiency of HLA-I immunopeptidome." Journal of translational medicine 22.1 (2024): 144.