近日，我们迎来了IPA发布的2023年冬季新版，此版本新增火山图、功能丰富的侧边栏以及microRNA上游调控因子分析等新功能，IPA内容团队收集和整理的生物学证据达1,310万条，公共数据集达14.9万个。

一、功能更新

1、新增火山图，让分析设置更方便、更精确

在设置核心分析时，IPA增加了火山图展示，辅助用户筛选需要分析的差异表达基因。当用户点击或者框选火山图中的点时，会展示对应的基因名，这个火山图也可以导出成图片。此外，Core Analysis设置窗口因此也分为了两个选项卡。截止值和火山图在Set Cutoffs选项卡中，之前版本中使用的其他过滤器和设置移动到了Biological Filters选项卡中。

图注：核心分析中的火山图

2、网络和通路的快捷节点摘要，让工作更高效

在查看生物学通路或者调控网络时，用户可以双击图里的基因、信号通路、疾病、生物学功能等节点，侧边栏会直接呈现该节点的详细信息。例如下图，点击Bardet-Biedl综合征信号通路（BBSome Signaling Pathway）中的INSR基因，侧边栏会展示该基因的Entrez Gene信息、基因别名、蛋白结构域、基因所在的信号通路等详细信息。

图注：右侧栏的新节点摘要

当用户在侧边栏中看到基因所在的某个通路时，可以直接点击该通路，IPA会在新窗口中打开该通路，同时高亮显示该基因或者由该基因组成的复合物。

图注：侧边栏的经典通路链接

点击侧边栏的Interaction Network，可以快速查看与该信号通路、疾病、生物学功能等相关的基因。例如下图，双击mTOR信号通路中的PI3K/AKT信号通路，然后点击侧边栏的Interaction Network，在新窗口中即可展示PI3K/AKT信号通路相关的基因。

图注：侧边栏中经典通路节点的交互网络的链接

3、探索miRNA数据集的上游调控因子和因果网络

IPA现在可以预测由成熟microRNA组成的表达数据集的上游调控因子和因果网络的激活或抑制了。在之前的版本中，microRNA被排除在调节因子的靶点之外。下图显示了miRNA数据集的上游调控结果。

图注：成熟miRNA数据集的上游调控因子预测

其中，AGO2作为被激活的上游调控因子，上调了miR-7-5p、miR-130a-3p、miR-17-5p等microRNA的表达水平。

图注：AGO2被预测为激活

4、记住用户的文件夹选择，提升便捷性

现在，当用户选择IPA中的任何项目文件夹或计算机上的任何文件夹进行保存、复制、上传、移动或导出时，该选择将在IPA会话期间保持。下次在该会话中进行导出或复制等操作时，用户无需重新选择文件夹位置，这大大提升了工作效率和便捷性。

5、新增Analysis Match数据集元数据信息

对于发布更新的Lands，用户可以通过新增的元数据字段“oslandeddate”（“OmicSoft Landed Date”的缩写）很快区分哪些是新发布的。该字段中的值表示由OmicSoft发布的时间。

二、内容更新

本季度新增了超过16万项新发现，IPA知识库数据量目前超过1300万条。新增的内容包括8条新的通路、BioGrid的蛋白-蛋白相互作用、ClinVar的癌症突变发现、ClinicalTrials.gov的靶点-疾病发现和药物-疾病发现、OMIM的基因-疾病发现等。

在Analysis Match、Activity Plot、Pattern Search、Land Explorer等功能中，用户可以探索近15万个数据集（具体数据统计如下表），或是将它们与自己的数据集进行比较分析。

图注：Land数据集统计表

IPA的内容团队和开发团队一直以来都在不断提升和完善知识库和功能，源资科技一直以来都在不断为广大的用户带来优质的解决方案和支持服务。欢迎联系我们体验IPA的新功能！