CLC是一款全图形化界面的综合性生物信息学分析工具，迄今已近20年的历史。它支持个人电脑、本地服务器、AWS等多种部署模式，目前已有超过3万篇文献引用。CLC能够完成单细胞RNA-seq数据分析、单细胞ATAC-seq数据分析、宏基因组数据分析、扩增子数据分析、耐药基因分析、WGS/WES重测序数据分析、转录组数据分析、甲基化数据分析、ChIP-seq数据分析、二代和三代测序数据的拼接、基因组注释等等。

2024年初，我们迎来了全新的CLC 24.0版本。此次更新聚焦于分析功能提升和个性化设置，包括多个插件的更新、火山图的优化、自定义报告等，帮助您更好地分析和可视化组学数据。下面，小编将盘点一些重要的功能更新。

1. 单细胞空间转录组分析

单细胞空间转录组技术可以同时获得单个细胞的空间位置信息和基因表达水平，在发育生物学、神经科学、癌症研究和药物研发等领域具有广阔的应用前景。现在，CLC可以支持10x Genomics Visium单细胞空间转录组的数据分析，实现细胞空间坐标与其基因表达水平的整合分析。

使用Spatial Transcriptomics Plot工具，用户能对数据的各个方面进行可视化，并手动注释细胞。使用滑块可以控制图像的亮度和对比度，以及点的透明度。它还可以和Dimensionality Reduction Plot同时显示，方便用户从各个维度查看数据。

图注：CLC空间转录组数据的可视化

至此，CLC v24.0综合性工具箱包括了分析不同类型数据的工具：RNA速率、空间转录组学、转座可及染色质测定（scATAC-Seq）、T和B细胞受体（scTCR-Seq和scBCR-Seq，统称为scV(D)J-Seq），这些工具可以独立使用，也可构建为工作流。

2. LightSpeed加速体细胞变异检测

LightSpeed插件旨在提供超快速的二级分析，它可以快速处理原始FASTQ文件，产生高精度的变异检测，无需专门的硬件。本次更新新增了体细胞突变分析功能，在个人电脑上90分钟即可完成一个100X WGS数据分析，1-5分钟完成一个100X WES数据分析。LightSpeed可以分析UMI数据，支持QIAseq DNA和QIAseq DNA Pro panel数据分析。其体细胞变异检测工具不对样本的倍性（ploidy）进行假设，因此可以在任何频率甚至低频率下灵敏地检测变异等位基因。LightSpeed Fastq to Somatic Variants工具可以分析出SNP、MNV、InDel以及替换。

图注：CLC体细胞变异检测结果

3. 个性化的火山图

新版CLC提供了更多的个性化展示条件，用户可以轻松设置上调和下调基因的颜色，快速生成用于发表文章的高质量火山图。

还可以基于基因注释设定颜色，图中点的透明度也可以设定。

也可以设定差异表达基因的Fold Change和p-value，并在图中展示阈值，或设定非差异表达基因的颜色展示图注信息。

 CLC是一款经典的生物信息学分析工具，无需代码基础，且功能持续更新。本次更新还有许多“隐藏功能”，欢迎联系我们了解。