在小分子的药物设计过程中，Discovery Studio从靶标3D结构或者配体结构出发，提供了一套丰富的工具来帮助筛选先导化合物候选分子，显著加快小分子药物研发速度、降低研发成本，也可以将虚拟计算的成果快速发表高分论文。

本期讲座，我们将具体介绍Discovery Studio在分子动力学模拟相关的基本概念、功能和在软件操作层面的一般步骤和结果分析。

2024年10月15日15:00-16:00

线上直播（免费参加）

崔勇 |  技术支持工程师 源资科技

讲座主要内容

• 分子动力学模拟的基本概念介绍

• 分子动力学模拟的程序设定

• 分子动力学模拟的结果分析

Discovery Studio小分子药物专题系列往期回顾

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第一讲 | Discovery Studio加速先导化合物发现与优化的全面工具

• 小分子数据库的预处理

• 分子对接的具体应用

• 药效团模型的构建与应用

• 基于片段的药物设计方法

• 分子动力学模拟

• Discovery Studio案例介绍和软件演示

第二讲 | Discovery Studio分子模拟前的数据准备实操演示

• 配体过滤：类药性规则、可合成性、Pains过滤...

• 配体准备：构象生成、离子化、异构化

• 蛋白准备：晶体结构的选择、结合位点的定义

第三讲 | Discovery Studio基于分子对接的计算模拟方法与应用

• 基于Libdock的数据库虚拟筛选与结果分析

• 基于CDOCKER的精准分子对接与结果分析

第四讲 | Discovery Studio药效团模型的构建与应用

• 基于配体结构的药效团模型构建

• 基于受体-配体相互作用模型的药效团模型的构建

• 基于药效团模型的虚拟筛选与分子结构优化策略

第五讲 | Discovery Studio基于片段的药物设计方法

• 片段库构建方法介绍

• 基于MCSS与De Novo Receptor的片段对接程序的应用与操作

• 基于骨架跃迁的先导化合物优化应用与操作