功能更新

1. 修订直系同源分类

IPA中的直系同源构成（ortholog composition）经过了重要的修订。在老版本中，每个直系同源物中包含哪些基因是由NCBI HomoloGene定义的。该资源于2014年停止更新，转而采用了NCBI Eukaryotic Genome Annotation Pipeline中的新方法，IPA现已根据该新系统进行了修订。相比老版本，该新系统改变了许多（约10%）IPA直系同源物的定义。这个新的直系同源物定义优于旧的，并且更符合现在研究的最新情况。

请注意，现在用户打开一个之前旧版本IPA的分析结果时，IPA会在直系同源物名称后添加Δ（delta）符号来表示该修订变化。用户点击带有Δ的基因名称时，便可得到新直系同源物的名称，如下图所示。如果希望整套结果都按照新的直系同源分类显示，则将原本上传的数据表重新分析一次即可。

图注：IPA用Δ显示直系同源物的修订变化

修订示例一：SMN1/SMN2

在之前的IPA版本中，有一个名为SMN1/SMN2的直系同源物，它包含关于人类SMN1和SMN2基因以及小鼠和大鼠Smn1基因的发现。现在，人类SMN1和SMN2基因被视为两个不含大鼠或小鼠基因的独立直系同源物。此外，创建了一种新的（单独的）直系同源物Smn1，包含小鼠和大鼠的Smn1基因，而不含人类基因（请注意，不存在小鼠或大鼠的Smn2基因）。

图注：SMN1/SMN2的直系同源物修订变化

修订示例二：APOC3

在之前的IPA版本中，有含Apoc3的小鼠和大鼠直系同源物，也有单独的仅含人类的直系同源物APOC3。现在，这些已经合并为一个包含所有三个物种的直系同源物。

图注：APOC3的直系同源物修订变化

修订示例三：ATP1A2

直系同源物ATP1A2曾经包含人类、小鼠和大鼠的基因。现在，人类基因单独分离为直系同源物ATP1A2，小鼠和大鼠的Atp1a2基因形成了自己的新直系同源物Atp1a2。

图注：ATP1A2的直系同源物修订变化

2. 用颜色分类经典通路富集图

在新版IPA中，当用户自定义经典通路气泡图并按通路类别对气泡着色时，Reactome通路、Ingenuity信号通路、Ingenuity代谢通路可以分为三种颜色显示，如下图所示。

图注：按通路类别为经典通路气泡图上色

内容更新

1. 新增经典通路

• 11条新的Ingenuity信号通路

• 54条新的Reactome通路

（详细的通路列表可于文末扫描二维码联系我们获取）

2. 新增GWAS证据

IPA纳入了NHGRI-EBI Catalog人类全基因组关联研究的GWAS证据，共计约6万条新发现。所有可以匹配到基因的关系现在都可以在IPA的“An Open Access Database of Genome-wide Association Results”中获得。老版本中2009年的约2000条发现已被删除。

图注：使用GWAS证据创建的网络图示例

3. 新增OmicSoft组学数据集

在Analysis Match、Activity Plot、Pattern Search、Land Explorer等功能中，用户可以探索超过21万个人工整理的公共数据集（具体数据统计如下表），或是将它们与自己的数据集进行比较分析。

IPA的内容团队和开发团队一直以来都在不断提升和完善知识库和功能，源资科技一直以来都在不断为广大的用户带来优质的解决方案和支持服务。

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