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A classic case
集结经典应用案例
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IPA案例十四——使用IPA分析心肌细胞在不同时间拉伸处理后的转录组变化
IPA案例十四——使用IPA分析心肌细胞在不同时间拉伸处理后的转录组变化
本文采用机械拉伸处理大鼠心肌细胞，并且从1h，4h，12h，24h，48h分别取样进行基因表达的分析。数据处理部位主要由IPA完成。获得了潜在的能够调控机械拉伸刺激心肌细胞基因表达的因子。
IPA案例十三——使用IPA挖掘衰老成骨细胞中的特异基因
IPA案例十三——使用IPA挖掘衰老成骨细胞中的特异基因
使用IPA的microRNA分析功能，深度挖掘正常和衰老的成骨细胞（osteoblasts）差异表达基因，获得与衰老相关的肌肉骨骼疾病新的候选基因及新的神经源性异位骨化生物标记物。
IPA案例十二——网络药理学分析揭示抗内皮炎症为丹红注射液“脑心同治”的共同机制
IPA案例十二——网络药理学分析揭示抗内皮炎症为丹红注射液“脑心同治”的共同机制
心脑血管疾病具有高患病率、高致残率和高死亡率的特点，丹红注射液对心脑血管的治疗的作用机制尚不清楚。本案例采用IPA进行网络药理学分析，并进行实验验证，共同揭示丹红注射液“脑心同治”的作用机制。
IPA案例十一——整合microRNA与mRNA寻找癌症转移调节因子
IPA案例十一——整合microRNA与mRNA寻找癌症转移调节因子
microRNA通过干扰转录靶区的翻译或稳定性来调节基因表达。miRNA与mRNA之间的相互作用很可能是癌症发生和发展的重要过程。本文对肾透明细胞癌（ccRCC）有无转移患者数据对比分析差异表达的miRNA及mRNA之间进行分子网络挖掘。
IPA案例十——转录组数据分析
IPA案例十——转录组数据分析
禽类白血病病毒（Avian leukosis virus，ALV）是禽类的治病病毒，导致禽类死亡和禽类健康下降，造成经济损失惨重。
IPA案例九——芯片数据分析
IPA案例九——芯片数据分析
细胞增殖和凋亡的基因调控对慢性淋巴细胞白血病（Chronic lymphocytic leukemia，CLL）十分重要，甲状腺激素受体互作因子（Thyroid hormone receptor interactors，TRIPs）对细胞周期很重要，但是TRIR家族新成员TRIP13的可能性功能尚不明确。本文使用Ingenuity Pathway Analysis（IPA）软件根据芯片数据，分析TRIP13可能性生物功能和参与的通路。
IPA案例八——纵向转录组分析发现治疗的急性莱姆病患者持续的差异基因表达特征
IPA案例八——纵向转录组分析发现治疗的急性莱姆病患者持续的差异基因表达特征
莱姆病（Lyme disease）是蜱传播莱姆病螺旋体细菌（Borrelia burgdorferi）引起的疾病，与关节炎、脑膜炎与面部神经麻痹相关，极少数患者因心肌炎猝死。大多数患者接受合适的抗生素治疗后，能够快速康复，无后遗症。而少数病人仍具有持续性症状，伴随传播性疾病，发展为更严重的疾病，延迟抗生素治疗。
IPA案例七——IRF1是铂抗性、高级别浆液性卵巢癌患者生存的独立预测标志物
IPA案例七——IRF1是铂抗性、高级别浆液性卵巢癌患者生存的独立预测标志物
卵巢上皮性癌是导致妇科恶性肿瘤死亡的主要原因，据统计，2013年新增了22,000位卵巢癌患者，14,000人死亡。有人认为卵巢癌高死亡率的原因是症状模糊、诊断时已是高级别和不利的肿瘤基础生物学特征。
IPA案例六——IPA分析免疫性疾病类风湿关节炎和二型糖尿病转录组潜在的共同通路和分子机制
IPA案例六——IPA分析免疫性疾病类风湿关节炎和二型糖尿病转录组潜在的共同通路和分子机制
类风湿性关节炎（RA）和2型糖尿病（T2D）都为长期、复杂的系统性疾病，能够增加心血管疾病的发病率和死亡率。RA是一种以关节病变为主的慢性全身自身免疫性疾病，发病过程中常伴有免疫系统的激活、炎症反应等参与。
IPA案例五——IPA在前列腺癌的二代测序RNA-Seq数据分析中的应用
IPA案例五——IPA在前列腺癌的二代测序RNA-Seq数据分析中的应用
精准医疗的提出，将高通量测序和临床应用直接关联起来。如何将高通量测序产生的海量数据中最有用的信息提取出来，成为进行精准医疗发展的一个关键因素。
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