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CLC案例四——宏基因组学发展路上的有力帮手
鸟枪宏基因组学能够比较全面的进行微生物的分型和病原体的鉴定。但是,在实际操作的过程中,还有非常多的因素影响鉴定的准确性。本文探讨了鸟枪法宏基因组分析用到的工具,其中CLC Genomics Workbench在后期生信分析中能提供更为准确的结果。
CLC案例三——三种牛基因组对比分析
鉴别瘤牛特有的外显子组变异,这些变异不存在野牛与牛的基因组中(Cosart et al. 2011)。此外,我们使用CLC Genomics Workbench内置工具gene ontology,试图将瘤牛特有的序列变异与改变的通路联系起来。
CLC案例二——使用CLC Genomics Workbench对比分析Toxascaris leonina与Toxocara canis功能基因注释
Toxocara canis(T.canis,狮弓蛔虫)和Toxascaris leonina(T.leonina,犬弓蛔虫)可能是最常见的狗胃肠蛔虫,两者具有相似之处,都属于蛔虫科,形态特征相似,非专业人员肉眼无法区分。然而,它们也表现出不同的生物学特征。目前已有多篇遗传变异研究报道了两种蛔虫的生物学、发病机理与鉴别诊断的特征,但尚未有人对两者的功能基因注释谱进行比较研究。
CLC案例一——使用来自Illumina与454测序平台的南非鲍转录组数据,评估De novo组装技术
南非鲍(Haliotis midae)是一种腹足纲软体动物,分布地域广,从西海岸(萨尔达尼亚,Saldahna)到东海岸里特点(Riet Point),因此南非鲍生存环境的多样性导致了它遗传和基因表达的多样性,这是南非鲍能够在动态环境中生存的原因。
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