集结经典应用案例<br/>用户成功案例解读<br/>分享项目中的实践方案
A classic case
集结经典应用案例
用户成功案例解读
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IPA案例四——用IPA对三阴性乳腺癌RNA-Seq数据进行比较网络和通路分析
IPA案例四——用IPA对三阴性乳腺癌RNA-Seq数据进行比较网络和通路分析
三阴性乳腺癌（TNBCs）占乳腺癌病例的15%，癌组织免疫组织化学检查结果为雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）和原癌基因Her-2均为阴性的乳腺癌。
IPA案例三—— 深度挖掘二代测序NGS与基因表达实验数据的价值
IPA案例三—— 深度挖掘二代测序NGS与基因表达实验数据的价值
对比IPA和免费开源的生物信息学工具，IPA不仅仅在基因表达谱数据分析所耗时间上免费工具，分析功能上也有明显优势。计算结果显示IPA在每组数据分析时比免费工具能节约超过30个小时。
IPA案例二——IPA MicroRNA Target Filter—鉴定出生物学上最相关的靶向分子
IPA案例二——IPA MicroRNA Target Filter—鉴定出生物学上最相关的靶向分子
microRNA 研究是一个快速发展的领域，它需要依赖各种测试技术以及预测算法来鉴定靶向分子。该领域普遍的一个挑战就是鉴定最具有生物相关性的靶向分子。IPA新的microRNA Target Filter功能能够优化通过实验验证或者预测得到的靶向分子。
IPA案例一——IPA-PTM蛋白的通路和网络分析案例
IPA案例一——IPA-PTM蛋白的通路和网络分析案例
蛋白质翻译后修饰在细胞信号通路传递中扮演了涵盖蛋白活性调控、稳定及亚细胞定位等方面重要角色。
CLC案例十——CLC助力新冠研究——免疫与疫苗
CLC案例十——CLC助力新冠研究——免疫与疫苗
最新发表的多篇新冠研究文献中使用CLC软件进行数据分析时，多次提及Local realignment工具，可见其优越性得到了认可。
CLC案例九——如何改善复杂基因组的结构注释
CLC案例九——如何改善复杂基因组的结构注释
在使用新的基因组组装（Genome assembly）进行下游实验之前，创建完整的基因注释至关重要。然而，许多组装和注释的基因组可能存在影响实验室分析的重大缺陷。
CLC案例八——从废水样本中辨别新冠毒株
CLC案例八——从废水样本中辨别新冠毒株
澳大利亚的研究者（Donner, et al., 2021）发现，废水检测可在新冠病毒感染者出现症状几周前就发现社区中存在的新冠病毒，有助于构建有针对性的早期检测系统。
CLC案例七——使用CLC分析和解读CRISPR数据
CLC案例七——使用CLC分析和解读CRISPR数据
CRISPR高通量测序数据分析受到越来越多的研究人员关注。本文详细阐述了如何使用QIAGEN CLC Genomics Workbench分析CRISPR高通量测序数据，并解读了测序数据生成的基因列表。
CLC案例六——使用CLC进行HPV病毒基因组进化和发病机制研究
CLC案例六——使用CLC进行HPV病毒基因组进化和发病机制研究
2021年8月份发表在Pathogens杂志的一篇文章，采用CLC进行了HPV病毒基因组进化和发病机制研究。
CLC案例五——儿童痰液中微生物群落分析
CLC案例五——儿童痰液中微生物群落分析
采用CLC进行儿童痰液中微生物群落分析，比较了采用CLC 和 EBI Metagenomics工具的分析结果，表明CLC Bio MGM模块可以将所有的样本中菌群分类到门的水平；而EBI工具在15%的样本中都不能分配到门的水平。
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