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IPA案例二——IPA MicroRNA Target Filter—鉴定出生物学上最相关的靶向分子
microRNA 研究是一个快速发展的领域,它需要依赖各种测试技术以及预测算法来鉴定靶向分子。该领域普遍的一个挑战就是鉴定最具有生物相关性的靶向分子。IPA新的microRNA Target Filter功能能够优化通过实验验证或者预测得到的靶向分子。
IPA案例一——IPA-PTM蛋白的通路和网络分析案例
蛋白质翻译后修饰在细胞信号通路传递中扮演了涵盖蛋白活性调控、稳定及亚细胞定位等方面重要角色。
CLC案例十——CLC助力新冠研究——免疫与疫苗
最新发表的多篇新冠研究文献中使用CLC软件进行数据分析时,多次提及Local realignment工具,可见其优越性得到了认可。
CLC案例九——如何改善复杂基因组的结构注释
在使用新的基因组组装(Genome assembly)进行下游实验之前,创建完整的基因注释至关重要。然而,许多组装和注释的基因组可能存在影响实验室分析的重大缺陷。
CLC案例八——从废水样本中辨别新冠毒株
澳大利亚的研究者(Donner, et al., 2021)发现,废水检测可在新冠病毒感染者出现症状几周前就发现社区中存在的新冠病毒,有助于构建有针对性的早期检测系统。
CLC案例七——使用CLC分析和解读CRISPR数据
CRISPR高通量测序数据分析受到越来越多的研究人员关注。本文详细阐述了如何使用QIAGEN CLC Genomics Workbench分析CRISPR高通量测序数据,并解读了测序数据生成的基因列表。
CLC案例六——使用CLC进行HPV病毒基因组进化和发病机制研究
2021年8月份发表在Pathogens杂志的一篇文章,采用CLC进行了HPV病毒基因组进化和发病机制研究。
CLC案例五——儿童痰液中微生物群落分析
采用CLC进行儿童痰液中微生物群落分析,比较了采用CLC 和 EBI Metagenomics工具的分析结果,表明CLC Bio MGM模块可以将所有的样本中菌群分类到门的水平;而EBI工具在15%的样本中都不能分配到门的水平。
CLC案例四——宏基因组学发展路上的有力帮手
鸟枪宏基因组学能够比较全面的进行微生物的分型和病原体的鉴定。但是,在实际操作的过程中,还有非常多的因素影响鉴定的准确性。本文探讨了鸟枪法宏基因组分析用到的工具,其中CLC Genomics Workbench在后期生信分析中能提供更为准确的结果。
CLC案例三——三种牛基因组对比分析
鉴别瘤牛特有的外显子组变异,这些变异不存在野牛与牛的基因组中(Cosart et al. 2011)。此外,我们使用CLC Genomics Workbench内置工具gene ontology,试图将瘤牛特有的序列变异与改变的通路联系起来。
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